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- PDB-1eri: X-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE-DNA RECOGNITION CO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eri
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE DNA-ECO RI ENDONUCLEASE-DNA RECOGNITION COMPLEX: THE RECOGNITION NETWORK AND THE INTEGRATION OF RECOGNITION AND CLEAVAGE
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
  • PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4))
キーワードHYDROLASE/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DOUBLE HELIX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, EcoRI / Restriction endonuclease, type II, EcoRI, Proteobacteria / Restriction endonuclease EcoRI / ECO RI Endonuclease; Chain A / Eco RI Endonuclease, subunit A / Restriction endonuclease, type II, EcoRI/MunI / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme EcoRI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, Y. / Grable, J.C. / Love, R. / Greene, P.J. / Rosenberg, J.M.
引用
ジャーナル: Science / 年: 1990
タイトル: Refinement of Eco RI endonuclease crystal structure: a revised protein chain tracing.
著者: Kim, Y.C. / Grable, J.C. / Love, R. / Greene, P.J. / Rosenberg, J.M.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Preliminary Characterization of EcoRI-DNA Co-Crystals: Incomplete Factorial Design of Oligonucleotide Sequences
著者: Wilkosz, P.A. / Chandrasekhar, K. / Rosenberg, J.M.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular Dynamics Simulations Suggest that the EcoRI Kink is an Example of Molecular Strain
著者: Kumar, S. / Duan, Y. / Kollman, P.A. / Rosenberg, J.M.
#3: ジャーナル: Structural Biology: The State of the Art; Proceedings of the Eighth Conversation, State University of New York, Albany
年: 1994
タイトル: Studies on the Canonical DNA-EcoRI Endonuclease Complex and the EcoRI Kink
著者: Kim, Y. / Choi, J. / Grable, J.C. / Greene, P. / Hager, P. / Rosenberg, J.M.
#4: ジャーナル: Curr.Opin.Struct.Biol. / 年: 1991
タイトル: Structure and Function of Restriction Endonucleases
著者: Rosenberg, J.M.
履歴
登録1994年5月18日登録サイト: BNL / 処理サイト: BNL
置き換え1995年2月7日ID: 1R1E
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9382
ポリマ－34,9382
非ポリマー00
水1,09961
1
B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4))

B: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')
A: PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4))


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8764
ポリマ－69,8764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)118.400, 118.400, 49.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3967.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 PROTEIN (ECO RI ENDONUCLEASE (E.C.3.1.21.4))


分子量: 30970.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00642
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 277 K / 詳細: 277.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 40011
3WATER12
4PEG 40012
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Grable J., (1984) J. Biomol. Struct. Dyn., 1, 1149.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.7 mg/mlenzyme1drop
22.8 mg/mlDNA1drop
38 %(w/v)PEG4001drop
440 mMBis-Tris propane1reservoir
51 mMEDTA1reservoir
616 %PEG4001reservoir

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 8775 / % possible obs: 60 % / Observed criterion σ(I): 3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / % possible obs: 60 % / Observed criterion σ(I): 3

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
PROLSQ精密化
精密化解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 --
Rwork0.17 --
obs0.17 8319 60 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 263 0 61 2375
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.58
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 26.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.58
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d1.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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