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- PDB-1eq8: THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE PENTAMERIC HELICAL BUNDLE OF T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eq8
タイトルTHREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE PENTAMERIC HELICAL BUNDLE OF THE ACETYLCHOLINE RECEPTOR M2 TRANSMEMBRANE SEGMENT
要素ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / NEUROTRANSMITTER RECEPTOR / M2 / LIPID BILAYERS / ION-CHANNEL / HELICAL BUNDLE / PENTAMERIC BUNDLE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / transmembrane signaling receptor activity / postsynaptic membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylcholine receptor subunit delta
類似検索 - 構成要素
生物種Torpedo californica (エイ)
手法個体NMR / X-PLOR 3.1, distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, FISI, FINGERPRINT, HOLE
データ登録者Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Kim, Y. / Valente, A.P. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. / Opella, S.J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structures of the M2 channel-lining segments from nicotinic acetylcholine and NMDA receptors by NMR spectroscopy.
著者: Opella, S.J. / Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Valente, A.P. / Kim, Y. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M.
#1: ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 1999
タイトル: Dilute Spin-Exchange Assignment of Solid-State NMR Spectra of Oriented Proteins: Acetylcholine M2 in Bilayers
著者: Marassi, F.M. / Gesell, J.J. / Valente, A.P. / Kim, Y. / Oblatt-Montal, M. / Montal, M. / Opella, S.J.
履歴
登録2000年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02024年9月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN
B: ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN
C: ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN
D: ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN
E: ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,6105
ポリマ－12,6105
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 30structures with favorable non-bond energy
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN / ACHR M2


分子量: 2522.013 Da / 分子数: 5 / 断片: M2 SEGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Torpedo californica (エイ) / Cell: NEURON / 細胞内の位置: POST-SYNAPTIC MEMBRANE / 器官: BRAIN / プラスミド: PMAL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P02718

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HSQC; HNCA; HN(CO)CA; 3D 15N- and 13C-edited NOESY; 3D 15N- and 13C-edited TOCSY; 3D HNHA
2221D CPMOIST; 2D 1H/1H-15N PISEMA; 2D 1H/15N HETCOR;
NMR実験の詳細Text: The orientation of each monomer in the pentameric bundle was obtained from the combination of the solution NMR (PDB file 1a11) and solid-state NMR (PDB file 1cek) structures

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM M2 U-15N; 350mM DPC; pH5.5;90% H2O/10% D2O
220mg M2 U-15N; 40mg DMPC;DMPC bilayers in H2O;
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15.5ambient 303 K
25.5ambient 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker DMXBrukerDMX6002
Chemagnetics CMXChemagneticsCMX4003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.01Brunger精密化
FISI1.01Marassi構造決定
HOLESmart, Goodfellow, Wallace構造決定
Felix95データ解析
精密化手法: X-PLOR 3.1, distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, FISI, FINGERPRINT, HOLE
ソフトェア番号: 1
詳細: The backbone coordinates obtained from solution NMR were superimposed on the coordinates obtained from solid-state NMR to fix the helix orientation and rotation in the membrane. The ...詳細: The backbone coordinates obtained from solution NMR were superimposed on the coordinates obtained from solid-state NMR to fix the helix orientation and rotation in the membrane. The pentameric array was then optimized using molecular dynamics. Pore contours were calculated with the program HOLE.
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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