ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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SHARP | | 位相決定 | CNS | | 精密化 | MOSFLM | | データ削減 | CCP4 | (SCALA)データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: MAD PLUS SIR / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: used maximum likelihood target "mlf"
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2458 | 944 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.2171 | - | - | - |
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all | 0.2185 | 18951 | - | - |
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obs | 0.2185 | 18625 | 98.3 % | - |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 33.32 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.629 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -12.176 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 10.547 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.27 Å | 0.23 Å |
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Luzzati d res low | - | 20 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.12 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1488 | 0 | 0 | 124 | 1612 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.011 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.57 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d25.32 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.923 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.55 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it2.49 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it3.35 | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 10
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.268 | 101 | 5.5 % |
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Rwork | 0.227 | 1715 | - |
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obs | - | - | 98.5 % |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % |
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溶媒の処理 | *PLUS |
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原子変位パラメータ | *PLUS |
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拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg25.32 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg0.923 | | | | |
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / Rfactor Rfree: 0.268 / % reflection Rfree: 5.5 % / Rfactor Rwork: 0.227 / Rfactor obs: 0.227 |
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