[日本語] English
万見
- PDB-1eq1: NMR STRUCTURE OF AN EXCHANGEABLE APOLIPOPROTEIN-MANDUCA SEXTA APO... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eq1
タイトルNMR STRUCTURE OF AN EXCHANGEABLE APOLIPOPROTEIN-MANDUCA SEXTA APOLIPOPHORIN-III
要素APOLIPOPHORIN-III
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Five helix-bundle / "helix-short helix-helix" recognition motif
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid transport / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Apolipophorin-III / Apolipophorin-III precursor (apoLp-III) / Apolipoprotein / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wang, J. / Sykes, B.D. / Ryan, R.O.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Structural basis for the conformational adaptability of apolipophorin III, a helix-bundle exchangeable apolipoprotein
著者: Wang, J. / Sykes, B.D. / Ryan, R.O.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Insight into Lipid Surface Recognition and Reversible Conformational Adaptation of an Exchangeable Apolipoprotein by Multidimensional Heteronuclear NMR Techniques
著者: Wang, J. / Gagne, S.M. / Sykes, B.D. / Ryan, R.O.
履歴
登録2000年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: APOLIPOPHORIN-III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4091
ポリマ－18,4091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 40structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデルモデル #2closest to the average, fewest violations

-
要素

#1: タンパク質 APOLIPOPHORIN-III / APOLP-III


分子量: 18409.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INTACT EXCHANGEABLE APOLIPOPROTEIN / 由来: (組換発現) Manduca sexta (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13276

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1312D NOESY
141HNHA
1514D 13C-separated NOESY
1614D 13C/15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細内容: 0.8-1.2 mM U-15N, 13C double labeld L-apoLp-III; 200 mM phosphate buffer, 0.5 mM NaN3, DSS
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1BVariancollection
NMRPipeDelaglio, Garrettデータ解析
X-PLOR3.1Brunger構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 2365 restraints, including 2257 NOE-direvied distance restraints and 108 dihedral angle restraints.
代表構造選択基準: closest to the average, fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the ...コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry, structures with favorable non-bond energy, structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る