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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1epa | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF THE EPIDIDYMAL RETINOIC ACID-BINDING PROTEIN AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | EPIDIDYMAL RETINOIC ACID-BINDING PROTEIN | ||||||
![]() | RETINOIC ACID-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Newcomer, M.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the epididymal retinoic acid binding protein at 2.1 A resolution. 著者: Newcomer, M.E. #1: ![]() タイトル: X-Ray Crystallographic Identification of a Protein Binding Site for Both All-Trans-and 9-Cis-Retinoic Acid 著者: Newcomer, M.E. / Pappas, R.S. / Ong, D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 70.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: ONLY CA'S ARE GIVEN FOR RESIDUES 24 - 32 IN BOTH COPIES OF THE MOLECULE. ELECTRON DENSITY IN THIS REGION IS POOR. 2: GLY A 72 - PRO A 73 OMEGA = 219.16 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9949, 0.0386, 0.0928), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18249.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.76 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: other | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Num. obs: 16724 / % possible obs: 99.8 % / Num. measured all: 63562 / Rmerge(I) obs: 0.0548 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.26 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→6 Å / Rfactor Rwork: 0.196 / Rfactor obs: 0.196 / σ(F): 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→6 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.196 / Rfactor Rwork: 0.196 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.73 |