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- PDB-1eot: SOLUTION NMR STRUCTURE OF EOTAXIN, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eot
タイトルSOLUTION NMR STRUCTURE OF EOTAXIN, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素EOTAXIN
キーワードCYTOKINE / CHEMOKINE / PROTEIN SYNTHESIS / EOTAXIN / SOLUTION STRUCTURE / CCR3 / EOSINOPHIL
機能・相同性
機能・相同性情報


response to interleukin-13 / CCR3 chemokine receptor binding / chronic inflammatory response / response to interleukin-4 / mast cell chemotaxis / mammary duct terminal end bud growth / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / branching involved in mammary gland duct morphogenesis ...response to interleukin-13 / CCR3 chemokine receptor binding / chronic inflammatory response / response to interleukin-4 / mast cell chemotaxis / mammary duct terminal end bud growth / CCR chemokine receptor binding / chemokine-mediated signaling pathway / eosinophil chemotaxis / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / chemokine activity / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of actin filament polymerization / positive regulation of endothelial cell proliferation / cytoskeleton organization / positive regulation of GTPase activity / ERK1 and ERK2 cascade / actin filament organization / response to radiation / response to virus / negative regulation of neurogenesis / intracellular calcium ion homeostasis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / regulation of cell shape / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / learning or memory / protein dimerization activity / cell adhesion / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / inflammatory response / receptor ligand activity / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Crump, M.P. / Rajarathnam, K. / Sykes, B.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Solution structure of eotaxin, a chemokine that selectively recruits eosinophils in allergic inflammation.
著者: Crump, M.P. / Rajarathnam, K. / Kim, K.S. / Clark-Lewis, I. / Sykes, B.D.
履歴
登録1998年6月17日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EOTAXIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3811
ポリマ－8,3811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 40STRUCTURES WERE SELECTED WITH NO VIOLATIONS > 0.3 A OR DIHEDRAL ANGLES > 0.5 A AND GOOD COVALENT GEOMETRY.
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 EOTAXIN


分子量: 8380.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: BOTH SYNTHETIC AND RECOMBINANT SAMPLES WERE PREPARED. RECOMBINANT SAMPLES WERE UNIFORMLY LABELLED WITH N15.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: BOTH SYNTHETIC AND RECOMBINANT SAMPLES WERE PREPARED YES
細胞株: BL21 / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P51671
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQF-COSY
121NOESY
131TOCSY
141RPESY
15113C-HSQC
16113C-EDITED HMQC-NOESY
17115N-NOESY HSQC
18115N TOCSY HSQC
NMR実験の詳細Text: RESONANCE ASSIGNMENTS WERE ACHIEVED USING STANDARD TWO- AND THREE-DIMENSIONAL SEQUENTIAL ASSIGNMENT TECHNIQUES. NMR RESTRAINTS WERE EXTRACTED FROM 50, 75 AND 150 MS NOESY EXPERIMENTS. COUPLING ...Text: RESONANCE ASSIGNMENTS WERE ACHIEVED USING STANDARD TWO- AND THREE-DIMENSIONAL SEQUENTIAL ASSIGNMENT TECHNIQUES. NMR RESTRAINTS WERE EXTRACTED FROM 50, 75 AND 150 MS NOESY EXPERIMENTS. COUPLING CONSTANTS WERE CALCULATED FROM AN HNHA EXPERIMENT WITH UNIFORMLY LABELLED EOTAXIN.

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試料調製

詳細内容: 90% H2O/10% H2O OR 100% D2O. BUFFER ALSO CONTAINED 1MM DSS AND 1MM SODIUM AZIDE.
試料状態イオン強度: 20mM SODIUM ACETATE / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITY 600VarianUNITY 6005001
Varian INOVA 500VarianINOVA 5006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
VNMR構造決定
X-PLOR構造決定
NMRPipe構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: STRUCTURES WERE REFINED WITH MULTIPLE ROUNDS OF SIMULATED ANNEALING WITH THE ADDITION OF NEW NOES AND CORRECTION OF UNAMBIGUOUS NOES. PHI ANGLES WERE ONLY ADDED WHEN THEY AGREED WITH THE ...詳細: STRUCTURES WERE REFINED WITH MULTIPLE ROUNDS OF SIMULATED ANNEALING WITH THE ADDITION OF NEW NOES AND CORRECTION OF UNAMBIGUOUS NOES. PHI ANGLES WERE ONLY ADDED WHEN THEY AGREED WITH THE PURELY NOE DRIVEN CONVERGENCE OF THAT ANGLE IN INITIAL STRUCTURE CALCULATIONS. OTHER REFINEMENT INFORMATION CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WERE SELECTED WITH NO VIOLATIONS > 0.3 A OR DIHEDRAL ANGLES > 0.5 A AND GOOD COVALENT GEOMETRY.
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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