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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eoi | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACID PHOSPHATASE FROM ESCHERICHIA BLATTAE COMPLEXED WITH THE TRANSITION STATE ANALOG MOLYBDATE | ||||||
![]() | ACID PHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / all-alpha | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishikawa, K. / Mihara, Y. / Gondoh, K. / Suzuki, E. / Asano, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structures of a novel acid phosphatase from Escherichia blattae and its complex with the transition-state analog molybdate. 著者: Ishikawa, K. / Mihara, Y. / Gondoh, K. / Suzuki, E. / Asano, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 134.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a homohexamer. A symmetry partner can be generated from the trimer in the asymmetric unit by the following operation, (1+X-Y, 2-Y, 2/3-Z). |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25033.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PUC18 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG400, Na2MoO4, Tris, Hepes, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年12月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 34578 / Num. obs: 32057 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 45.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / % possible all: 61.6 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 61.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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