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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eoc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACINETOBACTER SP. ADP1 PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE IN COMPLEX WITH 4-NITROCATECHOL | ||||||
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![]() | OXIDOREDUCTASE / beta-sandwich / mixed alpha/beta structure / dioxygenase / biodegradation | ||||||
機能・相同性 | ![]() protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / D'Argenio, D.A. / Ornston, L.N. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Acinetobacter strain ADP1 protocatechuate 3, 4-dioxygenase at 2.2 A resolution: implications for the mechanism of an intradiol dioxygenase. 著者: Vetting, M.W. / D'Argenio, D.A. / Ornston, L.N. / Ohlendorf, D.H. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Protocatechuate 3,4-dioxygenase from Acinetobacter calcoaceticus 著者: Vetting, M.W. / Earhart, C.A. / Ohlendorf, D.H. #2: ![]() タイトル: Substitution, Insertion, Deletion, Suppression, and Altered Substrate Specificity in Functional Protocatechuate 3,4-dioxygenases. 著者: D'Argenio, D.A. / Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H. / Ornston, L.N. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Substrate and Substrate Analog Complexes of Protocatechuate 3,4-dioxygenase: Endogenous Fe3+ Ligand Displacement in Response to Substrate binding. 著者: Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. #4: ![]() タイトル: Structure of Protocatechuate 3,4-dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa at 2.15 A resolution 著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 80.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 12||||||||
単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dodecamer (AB) X 12 constructed from the 23(T) symmetry of the space group acting on the A and B subunits in the assymetric unit. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23508.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27583.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 化合物 | ChemComp-4NC / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.0, 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K Crystal was soaked in 30mM 4-nitrocatechol at pH 8.5 | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→20 Å / Num. all: 113962 / Num. obs: 23742 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 33.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.089 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.25→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'CNS' / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5 |