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- PDB-1eob: CRYSTAL STRUCTURE OF ACINETOBACTER SP. ADP1 PROTOCATECHUATE 3,4-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eob
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ACINETOBACTER SP. ADP1 PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE IN COMPLEX WITH 3,4-DIHYDROXYBENZOATE
要素
  • PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
  • PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / beta-sandwich / mixed alpha/beta structure / dioxygenase / biodegradation
機能・相同性
機能・相同性情報


protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / : / Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / D'Argenio, D.A. / Ornston, L.N. / Ohlendorf, D.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structure of Acinetobacter strain ADP1 protocatechuate 3, 4-dioxygenase at 2.2 A resolution: implications for the mechanism of an intradiol dioxygenase.
著者: Vetting, M.W. / D'Argenio, D.A. / Ornston, L.N. / Ohlendorf, D.H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Protocatechuate 3,4-dioxygenase from Acinetobacter calcoaceticus
著者: Vetting, M.W. / Earhart, C.A. / Ohlendorf, D.H.
#2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1999
タイトル: Substitution, Insertion, Deletion, Suppression, and Altered Substrate Specificity in Functional Protocatechuate 3,4-dioxygenases.
著者: D'Argenio, D.A. / Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H. / Ornston, L.N.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of Substrate and Substrate Analog Complexes of Protocatechuate 3,4-dioxygenase: Endogenous Fe3+ Ligand Displacement in Response to Substrate binding.
著者: Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Protocatechuate 3,4-dioxygenase from Pseudomonas aeruginosa at 2.15 A resolution
著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2000年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3014
ポリマ－51,0912
非ポリマー2102
水3,459192
1
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)615,61348
ポリマ－613,09424
非ポリマー2,52024
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area148600 Å2
ΔGint-725 kcal/mol
Surface area171270 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)144.400, 144.400, 144.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-807-

HOH

詳細The biological assembly is a dodecamer (AB) X 12 constructed from the 23(T) symmetry of the space group acting on the A and B subunits in the assymetric unit.

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要素

#1: タンパク質 PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE ALPHA CHAIN


分子量: 23508.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 解説: CLONED AND OVEREXPRESSED IN E.COLI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20371, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#2: タンパク質 PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE BETA CHAIN


分子量: 27583.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. (バクテリア) / 株: ADP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20372, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100mM Tris-HCl pH 7.0, 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K Crystals were soaked in 30mM PCA at pH 8.5
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21.8 Mammonium sulfate1reservoir
350 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 108614 / Num. obs: 25259 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.332 / % possible all: 86.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 86.4 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
X-GENデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.2→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1091 -5% of reflections
Rwork0.182 ---
all0.182 25543 --
obs0.182 22167 86.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3528 0 12 192 3732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.46
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0058
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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