PDB-1en1: STRUCTURE OF THE HIV-1 MINUS STRAND PRIMER BINDING SITE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1en1

タイトル

STRUCTURE OF THE HIV-1 MINUS STRAND PRIMER BINDING SITE

要素

DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*A)-3')

キーワード

DNA / hairpin / pentaloop / bulge

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Johnson, P.E. / Turner, R.B. / Wu, Z.R. / Levin, J.G. / Summers, M.F.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: A mechanism for plus-strand transfer enhancement by the HIV-1 nucleocapsid protein during reverse transcription
著者: Johnson, P.E. / Turner, R.B. / Wu, Z.R. / Hairston, L. / Guo, J. / Levin, J.G. / Summers, M.F.

履歴

登録	2000年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年12月28日	Group: Advisory
改定 1.4	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1en1.cif.gz	239 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1en1.ent.gz	184.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1en1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1en1_validation.pdf.gz	303 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1en1_full_validation.pdf.gz	384.1 KB	表示
XML形式データ	1en1_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	1en1_validation.cif.gz	32.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/1en1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/en/1en1	HTTPS FTP

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関連構造データ

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異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
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スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*CP*CP*TP*GP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*CP*GP*CP*CP*A)-3')

5.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 1000	target function
代表モデル	モデル #1	smallest target function

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPTPCPCPCPTPGPTPTPCPGPGPGPCPGPCPCPA)-3') 分子量: 5484.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: MONOMER

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
2	2	2	2D NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	2 mM (-) PBS oligonucleotide	H2O
2	2 mM (-) PBS oligonucleotide	D2O (99.9%)

試料状態

Conditions-ID	圧 (kPa)	温度 (K)
1	ambient	297 K
2	ambient	278 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	600	1
GE OMEGA PSG	GE	OMEGA PSG	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	1.7	Delaglio	解析
NMRView	3	Johnson	データ解析
DYANA	1.5	Guntert	構造決定
DYANA	1.5	Guntert	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: only restraints for the structured portion of the oligonucleotide (nucleotides 1-14) were used during refinement.

代表構造

選択基準: smallest target function

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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