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万見
- PDB-1emv: CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1emv
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E9 DNASE DOMAIN WITH ITS COGNATE IMMUNITY PROTEIN IM9 (1.7 ANGSTROMS)
要素
  • COLICIN E9
  • IMMUNITY PROTEIN IM9
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extrachromosomal circular DNA / bacteriocin immunity / toxic substance binding / endonuclease activity / killing of cells of another organism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / defense response to bacterium / protein domain specific binding / protein-containing complex / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 ...Colicin E7 immunity protein; Chain B, fragment: Endonuclease domain / Colicin/pyocin, DNase domain / Colicin E immunity protein / Colicin immunity protein/pyocin immunity protein / Colicin E immunity protein superfamily / Colicin immunity protein / pyocin immunity protein / Colicin/Pyocin-S2, DNase domain / Colicin/pyocin, DNase domain superfamily / Colicin, receptor domain / Coiled-coil receptor-binding R-domain of colicin E2 / Cloacin colicin family / Colicin-like bacteriocin tRNase domain / Pyosin/cloacin translocation domain / Pyosin/cloacin translocation domain superfamily / His-Me finger superfamily / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Colicin-E9 / Colicin-E9 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kuhlmann, U.C. / Pommer, A.J. / Moore, G.M. / James, R. / Kleanthous, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Specificity in protein-protein interactions: the structural basis for dual recognition in endonuclease colicin-immunity protein complexes.
著者: Kuhlmann, U.C. / Pommer, A.J. / Moore, G.R. / James, R. / Kleanthous, C.
履歴
登録2000年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IMMUNITY PROTEIN IM9
B: COLICIN E9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8073
ポリマ－24,7132
非ポリマー951
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.870, 52.560, 87.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a heterodimeric complex of the E9 DNase domain with its cognate immunity protein Im9

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要素

#1: タンパク質 IMMUNITY PROTEIN IM9 / IMME9 / MICROCIN E9 IMMUNITY PROTEIN


分子量: 9592.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTRC 99A (PRJ352) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13479
#2: タンパク質 COLICIN E9


分子量: 15120.021 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL DOMAIN, DNASE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PTRC 99A (PRJ352) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09883, deoxyribonuclease I
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細E9 DNase is metal free

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 24% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
詳細: used seeding, Kuhlmann, U.C., (1999) Acta. Crystallog. sect. D55, 256.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
132 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. all: 20868 / Num. obs: 20871 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 1.14 / Observed criterion σ(I): 3.85 / 冗長度: 19.8 % / Biso Wilson estimate: 24.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.026 / Net I/σ(I): 47.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Num. unique all: 330 / % possible all: 73.4
反射
*PLUS
Num. measured all: 415140
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / % possible obs: 73.4 % / Mean I/σ(I) obs: 16.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 1.7→20 Å / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1098 -RANDOM
Rwork0.219 ---
all-22962 --
obs-20724 90.3 %-
溶媒の処理Bsol: 39.5367 Å2 / ksol: 0.342601 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 5 154 1849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.538
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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