[日本語] English
万見
- PDB-1ems: CRYSTAL STRUCTURE OF THE C. ELEGANS NITFHIT PROTEIN -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ems
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE C. ELEGANS NITFHIT PROTEIN
要素NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
キーワードANTITUMOR PROTEIN / WORM / NITRILASE / FHIT / NUCLEOTIDE-BINDING PROTEIN / CANCER / DIADENOSINE POLYPHOSPHATE HYDROLASE / HISTIDINE TRIAD / TUMOR SUPPRESSOR / ROSETTA STONE
機能・相同性
機能・相同性情報


deaminated glutathione amidase activity / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / amide catabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein family UPF0012, conserved site / Nit1/2, carbon-nitrogen hydrolase domain / Uncharacterized protein family UPF0012 signature. / FHIT family / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. ...Uncharacterised protein family UPF0012, conserved site / Nit1/2, carbon-nitrogen hydrolase domain / Uncharacterized protein family UPF0012 signature. / FHIT family / Nitrilase/N-carbamoyl-D-aminoacid amidohydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / Carbon-nitrogen hydrolase superfamily / Carbon-nitrogen hydrolase / Carbon-nitrogen hydrolase domain profile. / Carbon-nitrogen hydrolase / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL MERCURY ION / Nitrilase and fragile histidine triad fusion protein NitFhit
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / TWO WAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pace, H.C. / Hodawadekar, S.C. / Draganescu, A. / Huang, J. / Bieganowski, P. / Pekarsky, Y. / Croce, C.M. / Brenner, C.
引用
ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the worm NitFhit Rosetta Stone protein reveals a Nit tetramer binding two Fhit dimers.
著者: Pace, H.C. / Hodawadekar, S.C. / Draganescu, A. / Huang, J. / Bieganowski, P. / Pekarsky, Y. / Croce, C.M. / Brenner, C.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Nitrilase and Fhit homologs are encoded as fusion proteins in Drosophila melanogaster and Caenorhabditis elegans
著者: Pekarsky, Y. / Campiglio, M. / Siprashvili, Z. / Druck, T. / Sedkov, Y. / Tillib, S. / Draganescu, A. / Wermuth, P. / Rothman, J.H. / Huebner, K. / Buchberg, A.M. / Mazo, A. / Brenner, C. / Croce, C.M.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Genetic, biochemical and crystallographic characterization of Fhit-substrate complexes as the active signaling form of Fhit
著者: Pace, H.C. / Garrison, P.N. / Robinson, A.K. / Barnes, L.D. / Draganescu, A. / Rosler, A. / Blackburn, G.M. / Siprashvili, Z. / Croce, C.M. / Huebner, K. / Brenner, C.
#3: ジャーナル: J.CELL PHYSIOL. / 年: 1999
タイトル: The Histidine Triad Superfamily of Nucleotide-Binding Proteins
著者: Brenner, C. / Bieganowski, P. / Pace, H.C. / Huebner, K.
履歴
登録2000年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
B: NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,37412
ポリマ－100,0162
非ポリマー1,35810
水2,900161
1
A: NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
B: NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
ヘテロ分子

A: NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
B: NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)202,74924
ポリマ－200,0324
非ポリマー2,71720
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area21730 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area58720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.750, 100.440, 158.650
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from the crystallographic symmetry partners of chains A and B

-
要素

#1: タンパク質 NIT-FRAGILE HISTIDINE TRIAD FUSION PROTEIN / NITFHIT


分子量: 50007.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
プラスミド: PSGA02 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76463
#2: 化合物
ChemComp-EMC / ETHYL MERCURY ION


分子量: 229.651 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5Hg
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: methylpentanediol, sodium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
25 mMNa+-HEPES1drop
325 mM1dropNaCl
42.5 mMdithiothreitol1drop
519 %MPD1drop
638 %MPD1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.0090, 0.9928
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月11日
放射プロトコル: TWO WAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0091
20.99281
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. all: 49928 / Num. obs: 49928 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.088 / Num. unique all: 3897
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % possible obs: 97.9 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.4 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS0.9位相決定
精密化構造決定の手法: TWO WAVELENGTH ANOMALOUS DIFFRACTION / 解像度: 2.8→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 5410833.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: mlhl target and bulk solvent model used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 3315 6.7 %random
Rwork0.19 ---
all0.181 49386 --
obs0.181 49386 94.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.7963 Å2 / ksol: 0.343798 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.51 Å20 Å20 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----5.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.29 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.28 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6520 0 27 161 6708
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 271 6.5 %
Rwork0.256 3897 -
obs--80 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion2.paramion2.top
X-RAY DIFFRACTION4mpd2.parmpd2.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.86

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る