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万見
- PDB-1emi: STRUCTURE OF 16S RRNA IN THE REGION AROUND RIBOSOMAL PROTEIN S8. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1emi
タイトルSTRUCTURE OF 16S RRNA IN THE REGION AROUND RIBOSOMAL PROTEIN S8.
要素
  • 16S RIBOSOMAL RNA
  • RIBOSOMAL PROTEIN S8
キーワードRIBOSOME / RNA / rRNA / ribosomal protein / 16S rRNA / S8
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 7.5 Å
データ登録者Lancaster, L. / Culver, G.M. / Yusupova, G.Z. / Cate, J.H. / Yuspov, M.M. / Noller, H.F.
引用ジャーナル: RNA / 年: 2000
タイトル: The location of protein S8 and surrounding elements of 16S rRNA in the 70S ribosome from combined use of directed hydroxyl radical probing and X-ray crystallography.
著者: Lancaster, L. / Culver, G.M. / Yusupova, G.Z. / Cate, J.H. / Yusupov, M.M. / Noller, H.F.
履歴
登録2000年3月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 16S RIBOSOMAL RNA
A: RIBOSOMAL PROTEIN S8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5462
ポリマ－67,5462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)508, 508, 803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI422

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要素

#1: RNA鎖 16S RIBOSOMAL RNA / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 51921.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: COORDINATES FOR THERMUS THERMOPHILUS 16S RRNA BUT SEQUENCE AND NUMBERING IS THAT OF E.COLI 16S RRNA
由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア)
#2: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S8 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 15624.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / タイプ: ALS / 波長: 1.1051
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1051 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 7.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化最高解像度: 7.5 Å
詳細: All data collection parameters are as reported for 486D. The RNA model for the S8 region of 16S rRNA was built manually by fitting to the 7.8 A X-ray map of the Thermus thermophilus 70S ...詳細: All data collection parameters are as reported for 486D. The RNA model for the S8 region of 16S rRNA was built manually by fitting to the 7.8 A X-ray map of the Thermus thermophilus 70S ribosome (Cate et al., Science 285, 2095-2104, 1999; see PDB 486D) using a single P pseudoatom for each nucleotide. Note that the nucleotide numbering corresponds to the nucleotide positions of E.coli 16S rRNA. Protein S8 from Thermus thermophilus (PDB 1AN7) was fitted to the 7.8 A map of the Thermus thermophilus 70S ribosome by splitting the protein into N- and C-terminal domains between residues 80 and 81. The two domains were fit separately, resulting in a small relative movement compared with the original X-ray structure. Only C-alpha positions are given in the PDB file.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 7.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数136 161 0 0 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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