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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emd | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF A TERNARY COMPLEX OF ESCHERICHIA COLI MALATE DEHYDROGENASE, CITRATE AND NAD AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | MALATE DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE(NAD(A)-CHOH(D)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity ...malate dehydrogenase activity / fermentation / malate dehydrogenase / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / malate metabolic process / anaerobic respiration / extrinsic component of membrane / tricarboxylic acid cycle / glycolytic process / oxidoreductase activity / protein homodimerization activity / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Hall, M.D. / Banaszak, L.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Crystal structure of a ternary complex of Escherichia coli malate dehydrogenase citrate and NAD at 1.9 A resolution. 著者: Hall, M.D. / Banaszak, L.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1emd.cif.gz | 71 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1emd.ent.gz | 52.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1emd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE 120 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32453.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61889, malate dehydrogenase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#3: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: referred to J.Mol.Biol. 220,551-553 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.93 Å / Num. obs: 18364 / % possible obs: 76 % / 冗長度: 2.6 % / Num. measured all: 47867 / Rmerge(I) obs: 0.0316 |
反射 シェル | *PLUS 冗長度: 2.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.195 / Rfactor obs: 0.195 / 最高解像度: 1.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.9 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: 'X-PLOR' / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(I): 2 / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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