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- PDB-1em0: COMPLEX OF D(CCTAGG) WITH TETRA-[N-METHYL-PYRIDYL] PORPHYRIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1em0
タイトルCOMPLEX OF D(CCTAGG) WITH TETRA-[N-METHYL-PYRIDYL] PORPHYRIN
要素DNA (5'-D(*(CBR)P*CP*TP*AP*GP*G)-3')
キーワードDNA / PORPHYRIN / RUFFLING / DNA DISTORTION / GROOVE BINDING
機能・相同性TETRA[N-METHYL-PYRIDYL] PORPHYRIN-NICKEL / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 0.9 Å
データ登録者Neidle, S. / Sanderson, M. / Bennett, M. / Krah, A. / Wien, F. / Garman, E. / McKenna, R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: A DNA-porphyrin minor-groove complex at atomic resolution: the structural consequences of porphyrin ruffling.
著者: Bennett, M. / Krah, A. / Wien, F. / Garman, E. / McKenna, R. / Sanderson, M. / Neidle, S.
履歴
登録2000年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*(CBR)P*CP*TP*AP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*(CBR)P*CP*TP*AP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*(CBR)P*CP*TP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*(CBR)P*CP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0728
ポリマ－7,5524
非ポリマー1,5204
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)32.210, 32.210, 62.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP41

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*(CBR)P*CP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 1888.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PNI / TETRA[N-METHYL-PYRIDYL] PORPHYRIN-NICKEL


分子量: 735.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H36N8Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.25UM DNA, 1.25UM NI-PORPHYRIN, 50UM MGCL2, 5% MPD, 30MM SODIUM CACODYLATE, AGAINST 500UM RESERVOIR OF 55% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.25 mMDNA1drop
21.25 mMNi2+-TMPy1drop
350 mM1dropMgCl2
45 %MPD1drop
530 mMsodium cacodylate1drop
655 %MPD1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF BM1410.9189
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1120.9057
検出器
タイプID検出器
MARRESEARCH1IMAGE PLATE
MARRESEARCH2IMAGE PLATE
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91891
20.90571
反射解像度: 0.86→30 Å / Num. obs: 45197 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.021
反射 シェル解像度: 0.9→1 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / % possible all: 70.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 336951

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4MAD PROGSモデル構築
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4(MAD PROGS)位相決定
精密化解像度: 0.9→6 Å / Num. parameters: 3867 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2
立体化学のターゲット値: NO RESTRAINTS USED, THEREFORE THE RMSD DEVIATIONS ABOVE DO NOT HAVE ANY MEANING
詳細: FULL-MATRIX LEAST-SQUARES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.172 2323 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
all0.151 42874 --
obs0.152 37075 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.9→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 772 196 202 1170
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 0.9 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.142 / Rfactor Rfree: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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