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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1em0 | ||||||||||||||||||
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タイトル | COMPLEX OF D(CCTAGG) WITH TETRA-[N-METHYL-PYRIDYL] PORPHYRIN | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / PORPHYRIN / RUFFLING / DNA DISTORTION / GROOVE BINDING | 機能・相同性 | TETRA[N-METHYL-PYRIDYL] PORPHYRIN-NICKEL / DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Neidle, S. / Sanderson, M. / Bennett, M. / Krah, A. / Wien, F. / Garman, E. / McKenna, R. | ![]() ![]() タイトル: A DNA-porphyrin minor-groove complex at atomic resolution: the structural consequences of porphyrin ruffling. 著者: Bennett, M. / Krah, A. / Wien, F. / Garman, E. / McKenna, R. / Sanderson, M. / Neidle, S. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1888.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.25UM DNA, 1.25UM NI-PORPHYRIN, 50UM MGCL2, 5% MPD, 30MM SODIUM CACODYLATE, AGAINST 500UM RESERVOIR OF 55% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 0.86→30 Å / Num. obs: 45197 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.021 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 0.9→1 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / % possible all: 70.3 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 336951 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 0.9→6 Å / Num. parameters: 3867 / Num. restraintsaints: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / σ(I): 2 立体化学のターゲット値: NO RESTRAINTS USED, THEREFORE THE RMSD DEVIATIONS ABOVE DO NOT HAVE ANY MEANING 詳細: FULL-MATRIX LEAST-SQUARES
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.9→6 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 0.9 Å / 最低解像度: 6 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.142 / Rfactor Rfree: 0.161 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |