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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1elq | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE CYSTINE C-S LYASE C-DES | ||||||
![]() | L-CYSTEINE/L-CYSTINE C-S LYASE | ||||||
![]() | LYASE / FeS cluster biosynthesis / NifS / pyridoxal 5'-phosphate / thiocysteine | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Clausen, T. / Kaiser, J.T. / Steegborn, C. / Huber, R. / Kessler, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the cystine C-S lyase from Synechocystis: stabilization of cysteine persulfide for FeS cluster biosynthesis. 著者: Clausen, T. / Kaiser, J.T. / Steegborn, C. / Huber, R. / Kessler, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 137.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A a non-crystallographic symmetry partner related by a two-fold axis. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42846.578 Da / 分子数: 2 断片: 11 RESIDUES OF THE WT-N-TERMINUS REPLACED BY OCTAPEPTIDE 変異: MADPVNLIPDR TO MTMITPSL / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-TERMINAL MODIFIED C-DES RETAINS FULL CATALYTIC ACTIVITY 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.24 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG8000, ammonium sulphate, phosphate, citrate, barium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 33 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.89 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 170235 / Num. obs: 61410 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 33.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 19.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / % possible all: 89.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 170235 / Rmerge(I) obs: 0.047 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using amplitudes
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.198 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 27.4 Å2 |