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万見
- PDB-1elc: Analogous inhibitors of elastase do not always bind analogously -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1elc
タイトルAnalogous inhibitors of elastase do not always bind analogously
要素ELASTASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / SERINE PROTEINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIFLUOROACETYL-L-PHENYLALANYL-P-ISOPROPYLANILID / Chem-0Z3 / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Mattos, C. / Rasmussen, B. / Ding, X. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: Analogous inhibitors of elastase do not always bind analogously.
著者: Mattos, C. / Rasmussen, B. / Ding, X. / Petsko, G.A. / Ringe, D.
#1: ジャーナル: J.Mol.Recog. / 年: 1990
タイトル: Interaction of the Peptide Cf3-Leu-Ala-Nh-C6H4-Cf3 (Tfla) with Porcine Pancreatic Elastase. X-Ray Studies at 1.8 Angstroms
著者: Li De La Sierra, I. / Papamichael, E. / Sakarelos, C. / Dimicoli, J.-L. / Prange, T.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1988
タイトル: Structure of Native Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 Angstroms Resolution
著者: Meyer, E. / Cole, G. / Radhakrishnan, R. / Epp, O.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Structure of the Product Complex of Acetyl-Ala-Pro-Ala with Porcine Pancreatic Elastase at 1.65 Angstroms Resolution
著者: Meyer, E. / Radhakrishnan, R. / Cole, G. / Presta, L.G.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic Study of the Binding of a Tri-Fluoroacetyl Dipeptide Anilide Inhibitor with Elastase
著者: Hughes, D.L. / Diecker, L.C. / Bieth, L.C. / Dimicoli, J.-L.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1980
タイトル: The Indirect Mechanism of Action of the Trifluoroacetyl Peptides on Elastase
著者: Dimicoli, J.-L. / Renaud, A. / Bieth, J.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: The Atomic Structure of Crystalline Porcine Pancreatic Elastase at 2.5 Angstroms Resolution. Comparisons with the Structure of Alpha-Chymotrypsin
著者: Sawyer, L. / Shotton, C.M. / Campbell, J.W. / Wendell, P.L. / Muirhead, H. / Watson, H.C. / Diamond, R. / Ladner, R.C.
履歴
登録1993年12月7日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* IN SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY TWO SIX-STRANDED ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* IN SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY TWO SIX-STRANDED BETA BARRELS. THIS IS REPRESENTED BY TWO SEVEN-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS OF EACH SHEET ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4763
ポリマ－25,9281
非ポリマー5482
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 58.000, 75.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-0Z3 / 6-ammonio-N-(trifluoroacetyl)-L-norleucyl-N-[4-(1-methylethyl)phenyl]-L-phenylalaninamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 507.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H34F3N4O3 / 参照: TRIFLUOROACETYL-L-PHENYLALANYL-P-ISOPROPYLANILID
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE IDENTITY OF ASN A 81 AGREES WITH THE SEQUENCES OF SEVERAL OTHER ELASTASE STRUCTURES. THE ...THE IDENTITY OF ASN A 81 AGREES WITH THE SEQUENCES OF SEVERAL OTHER ELASTASE STRUCTURES. THE AUTHORS THEREFORE BELIEVE IT TO BE CORRECT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化詳細: THE COMPLEX WAS CO-CRYSTALLIZED. THE CO-CRYSTALS WERE GROWN BY THE METHOD OF VAPOR DIFFUSION IN 40 MICROLITER DROPS CONTAINING 9MG(SLASH)ML OF ELASTASE, 0.1 MILLIMOLAR TFA-LYS-PRO-ISO, 1.4 ...詳細: THE COMPLEX WAS CO-CRYSTALLIZED. THE CO-CRYSTALS WERE GROWN BY THE METHOD OF VAPOR DIFFUSION IN 40 MICROLITER DROPS CONTAINING 9MG(SLASH)ML OF ELASTASE, 0.1 MILLIMOLAR TFA-LYS-PRO-ISO, 1.4 MILLIMOLAR SODIUM SULFATE AND 100 MILLIMOLAR SODIUM ACETATE AT PH 5. THE RESERVOIR CONSISTED OF 100 MILLIMOLAR SODIUM SULFATE AND 100 MILLIMOLAR ACETATE BUFFER AT PH 5.
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
170 %methanol1reservoir
230 %acetate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 10 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.75→10 Å / Rfactor Rwork: 0.15 / Rfactor obs: 0.15 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 37 130 1989
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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