[日本語] English
万見
- PDB-1el4: STRUCTURE OF THE CALCIUM-REGULATED PHOTOPROTEIN OBELIN DETERMINED... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1el4
タイトルSTRUCTURE OF THE CALCIUM-REGULATED PHOTOPROTEIN OBELIN DETERMINED BY SULFUR SAS
要素OBELIN
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / BIOLUMINESCENCE / CALCIUM / PHOTOPROTEIN / OBELIN / SULFUR ANOMALOUS SCATTERING
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF hand / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROXY-COELENTERAZINE / Obelin
類似検索 - 構成要素
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / SULFUR SAS / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. / Rose, J. / Lee, J. / Wang, B.C.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Structure of the Ca2+-regulated photoprotein obelin at 1.7 A resolution determined directly from its sulfur substructure.
著者: Liu, Z.J. / Vysotski, E.S. / Chen, C.J. / Rose, J.P. / Lee, J. / Wang, B.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Preparation and preliminary study of crystals of the recombinant calcium-regulated photoprotein obelin from the bioluminescent hydroid obelia longissima
著者: Vysotski, E.S. / Liu, Z.J. / Rose, J. / Wang, B.C. / Lee, J.
履歴
登録2000年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: OBELIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7303
ポリマ－22,2551
非ポリマー4752
水4,792266
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.562, 81.562, 86.088
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number171
Space group name H-MP62
詳細The biological assembly is a monomer.

-
要素

#1: タンパク質 OBELIN / OBL


分子量: 22254.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-CTZ / C2-HYDROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 439.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
解説: STRUCTURE DETERMINED USING THE SULFUR SAS SIGNAL RECORDED AT ID17, APS USING 1.74 ANGSTROM X-RAYS (SEE REMARK 3 REFINEMENT DETAILS)
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 5 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (10 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION: CONTAINING 1.4 M SODIUM CITRATE, PH 6.0., VAPOR ...詳細: HANGING DROP VAPOR DIFFUSION USING 5 MICROLITER DROPS CONTAINING EQUAL VOLUMES OF PROTEIN CONCENTRATE (10 MG/ML) AND RESERVOIR SOLUTION: CONTAINING 1.4 M SODIUM CITRATE, PH 6.0., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4
詳細: Vysotski, E.S., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 1965.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mMpotassium/sodium phosphate1drop
21 mMEDTA1drop
310 mg/mlprotein1drop
41.4 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 17-ID11.74
シンクロトロンAPS 19-ID20.94
シンクロトロンALS 5.0.231
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年9月18日
APS-12CCD1999年6月10日
ADSC QUANTUM 43CCD1999年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.741
20.941
311
反射解像度: 1.73→20 Å / Num. all: 33058 / Num. obs: 33694 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Num. unique all: 3274 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
Num. all: 33694 / Num. obs: 33058

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVEFOLLOWED BY ISAS位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
反復単波長異常分散位相決定
精密化構造決定の手法: SULFUR SAS / 解像度: 1.73→19.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 260910.23 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING SINGLE WAVELENGTH ANOMALOUS SCATTERING DATA RECORDED FOR THE NATIVE PROTEIN. DATA WERE RECORDED ON TWO OBELIN CRYSTALS TO 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION AT ...詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING SINGLE WAVELENGTH ANOMALOUS SCATTERING DATA RECORDED FOR THE NATIVE PROTEIN. DATA WERE RECORDED ON TWO OBELIN CRYSTALS TO 2.5 ANGSTROMS RESOLUTION AT BEAMLINE ID-17 (IMCA-CAT), ADVANCED PHOTON SOURCE (APS), ARGONNE NATIONAL LABORATORY USING A MARRESEARCH 165 MM CCD DETECTOR AND 1.74 ANGSTROM X-RAYS. A DATA COLLECTION STRATEGY (HKL2000) WAS DETERMINED FROM THE INITIAL IMAGE TO GIVE THE STARTING AND ENDING POINTS OF THE DATA COLLECTION TO INSURE A MINIMUM DATA COMPLETENESS OF 98 PERCENT. DATA WERE COLLECTED USING THE "FREIDEL FLIP" METHOD. DATA PROCESSING WAS CARRIED OUT USING HKL2000. THE PROCESSED DATA FORMING THE TWO DATA SETS WERE MERGED TO INCREASE REDUNDANCY (WU, ET AL., (2000) J. PROT. PEP. LETTS. 7, 25-32) AND SOLVE WAS USED TO DETERMINE THE SIX OF THE EIGHT SULFUR ATOM POSITIONS. PHASES WAS USED TO REFINE THE SULFUR POSITIONS AND TO LOCATE THE REMAINING SULFUR SITES BY BIJVOET DIFFERENCE FOURIER ANALYSIS. THREE ADDITIONAL SITES WERE IDENTIFIED SUGGESTING THAT ONE OF THE SULFUR SITES WAS MOST PROBABLY AN ANOMALOUS SOLVENT SUCH AS CHLORIDE. ALL ANOMALOUS SITES WERE TREATED AS SULFUR FOR THE PHASE CALCULATIONS. THE NINE SULFUR SITES WERE USED TO ESTIMATE THE INITIAL PROTEIN PHASES AT 3 ANGSTROM RESOLUTION USING SOLVENT FLATTENING (ISAS, WANG, (1985) METHODS ENZYMOL. 115, 90 112). A PRELIMINARY CHAIN TRACE WAS DONE USING THE 3.0 ANGSTROM MAP. SEQUENCE ASSIGNMENT WAS BASED ON 8 SULFUR ATOM POSITIONS. THE MODEL, 99 PERCENT COMPLETE WAS BUILT USING THE 3.0 ANGSTROM SAS MAP. RESIDUE 1 WAS NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY AMPS AND IS PRESUMED TO BE DISORDERED. THE RESOLUTION OF THE STRUCTURE WAS THEN EXTENDED TO 1.73 ANGSTROMS RESOLUTION DURING THE FINAL STAGES OF REFINEMENT USING A MERGED DATA SET COLLECTED FROM A SINGLE CRYSTAL RECORDED AT APS (BEAMLINE ID19, WAVELENGTH 0.94 ANGSTROMS) AND AT ALS (BEAMLINE 5.0.2, WAVELENGTH 1.0 ANGSTROMS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 2665 8.1 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all0.191 33058 --
obs0.191 33058 97.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.158 Å2 / ksol: 0.370428 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20.98 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→19.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1556 0 34 266 1856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.842
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.592.5
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 372 7.5 %
Rwork0.261 4611 -
obs--88.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CROM5.PARCROM5.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 8.1 % / Rfactor obs: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.71
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.302 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.261

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る