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万見
- PDB-1eko: PIG ALDOSE REDUCTASE COMPLEXED WITH IDD384 INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eko
タイトルPIG ALDOSE REDUCTASE COMPLEXED WITH IDD384 INHIBITOR
要素ALDOSE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALDOSE REDUCTASE / INHIBITION / DIABETES
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity ...glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / D/L-glyceraldehyde reductase / aldose reductase / NADP-retinol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / retinal dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I84 / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member B1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Podjarny, A.
引用
#1: ジャーナル: J.AM.SOC.MASS.SPECTROM. / 年: 1999
タイトル: Binding of Aldose Reductase Inhibitors: Correlation of Crystallographic and Mass Spectrometric Studies
著者: Rogniaux, H. / Van Dorsselaer, A. / Barth, P. / Biellmann, J.F. / Barbanton, J. / van Zandt, M. / Chevrier, B. / Howard, E. / Mitschler, A. / Potier, N. / Urzhumtseva, L. / Moras, D. / Podjarny, A.
履歴
登録2000年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDOSE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9583
ポリマ－35,8241
非ポリマー1,1342
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.810, 68.810, 154.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ALDOSE REDUCTASE


分子量: 35824.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: EYE / 組織: LENS / 参照: UniProt: P80276, aldose reductase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-I84 / [2,6-DIMETHYL-4-(2-O-TOLYL-ACETYLAMINO)-BENZENESULFONYL]-GLYCINE / INHIBITOR IDD 384


分子量: 390.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N2O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 6 MG/ML AR, 2.5% PEG 6000, 25 MM MESPH 6.2 (DROP), 20% PEG 6000, 25 MM MESPH 6.2 (RESERVOIR) , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K
結晶化
*PLUS
詳細: Rogniaux, H., (1999) J. Am. Soc. Mass Spectrom., 10, 635.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
3NADP+1drop
475 mMMES1drop
51 mMEDTA1drop
61 mMdithiothreitol1drop
72.5 %(w/v)PEG60001drop
825 %PEG60001reservoir
91
21
101

-
データ収集

回折平均測定温度: 273 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.91
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→15 Å / Num. all: 20372 / Num. obs: 19184 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.245 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.245 / % possible all: 97.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.851精密化
XDSデータ削減
AUTOMARデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ALDOSE REDUCTASE NATIVE

解像度: 2.2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 18314069.48 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1801 9.8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all0.221 20372 --
obs0.216 18338 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.8234 Å2 / ksol: 0.382389 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.31 Å
Luzzati d res low-8 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2523 0 75 71 2669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.981.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.122
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.332
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 240 11 %
Rwork0.355 1950 -
obs--93.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP_PARAMTOPHCSDX_PLUS.PRO
X-RAY DIFFRACTION2NADP.PARAMNADP.TOPOL
X-RAY DIFFRACTION3I0384.PARAMI0384.TOPOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9.8 % / Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.72
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.394 / % reflection Rfree: 11 % / Rfactor Rwork: 0.355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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