+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ekm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE AT 2.5 A RESOLUTION OF ZINC-SUBSTITUTED COPPER AMINE OXIDASE OF HANSENULA POLYMORPHA EXPRESSED IN ESCHERICHIA COLI | ||||||
![]() | COPPER AMINE OXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / amine oxidase / quinoprotein | ||||||
機能・相同性 | ![]() aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / peroxisome / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Chen, Z. / Schwartz, B. / Williams, N.K. / Li, R. / Klinman, J.P. / Mathews, F.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure at 2.5 A resolution of zinc-substituted copper amine oxidase of Hansenula polymorpha expressed in Escherichia coli. 著者: Chen, Z. / Schwartz, B. / Williams, N.K. / Li, R. / Klinman, J.P. / Mathews, F.S. #1: ![]() タイトル: Copper Amine Oxidase from Hansenula polymorpha: the Crystal Structure Determined at 2.4 A Resolution Reveals the Active Conformation 著者: Li, R. / Klinman, J.P. / Mathews, F.S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 420 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 340 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 490.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 97.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 134.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
3 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
| ||||||||||||
詳細 | Molecule is homodimer in solution. The biological unit is a dimer. Three dimers form a crystallographic hexamer which is non-biological. The asymmetric unit contains half of a hexamer, chains ABC. Chains B,C were not treated as independent during refinement but were generated by strict non-crystallographic symmetry. |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 73731.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZINC-SUBSTITUTED / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 8000, potassium phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 52 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS PH range low: 7.5 / PH range high: 6.2 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→500 Å / Num. all: 65122 / Num. obs: 64796 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 2.46 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Num. unique all: 3689 / % possible all: 40.7 |
反射 | *PLUS % possible obs: 77.4 % / Num. measured all: 226364 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 40.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.5→500 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER / 詳細: USED STRICT NCS CONSTRAINTS
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→500 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |