PDB-1eki: AVERAGE SOLUTION STRUCTURE OF D(TTGGCCAA)2 BOUND TO CHROMOMYCIN-A...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eki

タイトル

AVERAGE SOLUTION STRUCTURE OF D(TTGGCCAA)2 BOUND TO CHROMOMYCIN-A3 AND COBALT

要素

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')

キーワード

DNA / drug bound in the minor groove of DNA

機能・相同性

: / Chem-CPH / DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model type details

minimized average

データ登録者

Gochin, M.

引用

ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: A high-resolution structure of a DNA-chromomycin-Co(II) complex determined from pseudocontact shifts in nuclear magnetic resonance.
著者: Gochin, M.

履歴

登録	2000年3月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年3月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2011年12月28日	Group: Advisory
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eki.cif.gz	31.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eki.ent.gz	21.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1eki_validation.pdf.gz	648.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1eki_full_validation.pdf.gz	656.1 KB	表示
XML形式データ	1eki_validation.xml.gz	4.5 KB	表示
CIF形式データ	1eki_validation.cif.gz	5.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1eki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1eki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ekhC 1d83 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1vaq-2 6j0i-1 6j0i-3 2a2t-5 1d83-d 1zmi-2 1iua-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')

B: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')

ヘテロ分子

7.35 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 1	average structure
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: DNA鎖

DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*CP*CP*AP*A)-3')

分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: TWO MOLECULES OF THE DRUG CHROMOMYCIN A3 (1GL-2GL-DXB-DDA-DDA-1AR, CHAINS C, AND D) ARE BOUND IN THE MINOR GROOVE

#2: 多糖

2,6-dideoxy-4-O-methyl-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-acetyl-2,6-dideoxy-beta-D-galactopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 334.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

3-C-methyl-4-O-acetyl-alpha-L-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose-(1-3)-beta-D-Olivopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 464.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[ad122m-1b_1-5][ad611m-1a_1-5_3C_4OCC/3=O]/1-1-2/a3-b1_b3-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][b-D-2,6-deoxy-Glcp]{[(3+1)][a-L-2,6-deoxy-Glcp4Ac]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-CO / COBALT (II) ION

分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

#5: 化合物

ChemComp-CPH / (1S)-5-deoxy-1-O-methyl-1-C-[(2R,3S)-3,5,7,10-tetrahydroxy-6-methyl-4-oxo-1,2,3,4-tetrahydroanthracen-2-yl]-D-xylulose / None / クロモマイシノン

分子量: 420.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄O₉

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	13C-1H HMQC

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques as well as 2D 13C-1H heteronuclear correlation

-
試料調製

詳細	内容: 2mM DNA-drug complex, 25 degrees C, in buffer (100mM NaCl, 10mM Na borate), final PH 6. 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 110mM / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: GE OMEGA / 製造業者: GE / モデル: OMEGA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	1.7	DeLaglio and Bax	解析
Sparky	3	Kneller and Goddard	データ解析
X-PLOR	3.0, 3.851	Brunger (modified Gochin and Tu)	精密化
Felix	2.1	Biosym	データ解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: molecular dynamics, isolated spin-pair approximation for NOE's; pseudocontact shift refinement

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: average structure / 計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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