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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ekh | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR STRUCTURE OF D(TTGGCCAA)2 BOUND TO CHROMOMYCIN-A3 AND COBALT | ||||||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / drug bound in the minor groove of DNA | 機能・相同性 | : / Chem-CPH / DNA | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Gochin, M. | 引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: A high-resolution structure of a DNA-chromomycin-Co(II) complex determined from pseudocontact shifts in nuclear magnetic resonance. 著者: Gochin, M. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1999 タイトル: Structure determination by restrained molecular dynamics using NMR pseudocontact shifts as experimentally determined constraints 著者: Tu, K. / Gochin, M. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ekh.cif.gz | 117 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ekh.ent.gz | 94.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ekh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ekh_validation.pdf.gz | 670.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ekh_full_validation.pdf.gz | 786.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ekh_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ekh_validation.cif.gz | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: TWO MOLECULES OF THE DRUG CHROMOMYCIN A3 (1GL-2GL-DXB-DDA-DDA-1AR, CHAINS C, AND D) ARE BOUND IN THE MINOR GROOVE #2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 化合物 | ChemComp-CO / | #5: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING PSEUDOCONTACT SHIFTS IN THE NMR SPECTRUM. PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE MEASURED AS THE DIFFERENCE IN THE CHEMICAL SHIFT BETWEEN THE CO(II) COMPLEX AND THE ZN(II) ...Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING PSEUDOCONTACT SHIFTS IN THE NMR SPECTRUM. PSEUDOCONTACT SHIFTS WERE MEASURED AS THE DIFFERENCE IN THE CHEMICAL SHIFT BETWEEN THE CO(II) COMPLEX AND THE ZN(II) COMPLEX. IN MODELS 1-3, ONLY SHIFTS WERE USED; IN MODELS 4-6 SHIFTS + NOE'S WERE USED IN REFINEMENT. |
-試料調製
詳細 | 内容: D2O, 90% H2O, 10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 100mM NACL / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: GE OMEGA500 / 製造業者: GE / モデル: OMEGA500 / 磁場強度: 500 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: Paramagnetic Shifts and NOEs used in refinement. Other REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: MINIMIZED AVERAGED COORDINATES FROM 6 RUNS 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 6 |