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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ejt | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE H219Q VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE | ||||||
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![]() | HYDROLASE / alpha-beta barrel / nickel metalloenzyme | ||||||
機能・相同性 | ![]() urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pearson, M.A. / Park, I.S. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Kinetic and structural characterization of urease active site variants. 著者: Pearson, M.A. / Park, I.S. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 130.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 432.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60399.336 Da / 分子数: 1 / 変異: H219Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 11125.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#3: タンパク質 | 分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ / pH: 7 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→100 Å / Num. obs: 52175 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.9 % |
反射 シェル | 最高解像度: 2 Å / 冗長度: 1.8 % / % possible all: 67 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 67 % / Rmerge(I) obs: 0.38 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å / Rfactor Rwork: 0.173 / Rfactor all: 0.173 / σ(F): 0 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.173 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |