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万見
- PDB-1eja: STRUCTURE OF PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH BDELLASTASIN, AN ANTI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eja
タイトルSTRUCTURE OF PORCINE TRYPSIN COMPLEXED WITH BDELLASTASIN, AN ANTISTASIN-TYPE INHIBITOR
要素
  • BDELLASTASIN
  • TRYPSIN
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Complex (Hydrolase-Inhibitor) / Hydrolase / Inhibitor / Bdellastasin / Antistasin / Trypsin / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / digestion / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Antistasin; domain 1 / Antistasin; domain 1 / Antistasin-like domain / Antistasin family / Antistasin-like domain profile. / Hirudin/antistatin / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family ...Antistasin; domain 1 / Antistasin; domain 1 / Antistasin-like domain / Antistasin family / Antistasin-like domain profile. / Hirudin/antistatin / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Bdellastasin
類似検索 - 構成要素
生物種Hirudo medicinalis (医用ビル)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rester, U. / Moser, M. / Huber, R. / Bode, W.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: L-Isoaspartate 115 of porcine beta-trypsin promotes crystallization of its complex with bdellastasin.
著者: Rester, U. / Moser, M. / Huber, R. / Bode, W.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of the Complex of the Antistasin-type Inhibitor Bdellastasin with Trypsin and Modelling of the Bdellastasin-microplasmin System
著者: Rester, U. / Bode, W. / Moser, M. / Parry, M.A. / Huber, R. / Auerswald, E.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Bdellastasin, a serine protease inhibitor of the antistasin family from the medical leech (Hirudo medicinalis) - primary structure, expression in yeast, and characterization of native ...タイトル: Bdellastasin, a serine protease inhibitor of the antistasin family from the medical leech (Hirudo medicinalis) - primary structure, expression in yeast, and characterization of native and recombinant inhibitor.
著者: Moser, M. / Auerswald, E. / Mentele, R. / Eckerskorn, C. / Fritz, H. / Fink, E.
履歴
登録2000年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRYPSIN
B: BDELLASTASIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8683
ポリマ－29,8452
非ポリマー231
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1450 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.020, 70.020, 119.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 TRYPSIN


分子量: 23493.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: LYOPHILIZED PORCINE PANCREATIC B-TRYPSIN TYPEIX (E.C. 3.4.21.4) PURCHASED FROM SIGMA.
由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 組織: PANCREAS / 参照: UniProt: P00761, trypsin
#2: タンパク質 BDELLASTASIN


分子量: 6351.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): S78 / 参照: UniProt: P82107
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 4.0 M Na-formate, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mM1dropNaCl
250 mMMES1drop
310 mg/mlprotein1drop
4150 mM1reservoirNaCl
520 mMMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→34.9 Å / Num. all: 51140 / Num. obs: 8636 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 51140
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→8 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.248 848 RANDOM
Rwork0.191 --
all-8272 -
obs-7989 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2492 0 1 255 2748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.546
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.191
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.01
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.777

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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