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- PDB-1ej8: CRYSTAL STRUCTURE OF DOMAIN 2 OF THE YEAST COPPER CHAPERONE FOR S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ej8
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DOMAIN 2 OF THE YEAST COPPER CHAPERONE FOR SUPEROXIDE DISMUTASE (LYS7) AT 1.55 A RESOLUTION
要素LYS7
キーワードCHAPERONE / beta barrel / copper chaperone for SOD / domain 2
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase complex / superoxide dismutase copper chaperone activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / copper ion transport / protein folding chaperone complex / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / mitochondrion ...superoxide dismutase complex / superoxide dismutase copper chaperone activity / Detoxification of Reactive Oxygen Species / copper ion transport / protein folding chaperone complex / removal of superoxide radicals / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain / Heavy metal-associated domain, HMA / Superoxide dismutase (Cu/Zn) / superoxide dismutase copper chaperone / Superoxide dismutase-like, copper/zinc binding domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Superoxide dismutase 1 copper chaperone
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Hall, L.T. / Sanchez, R.J. / Holloway, S.P. / Zhu, H. / Stine, J.E. / Lyons, T.J. / Demeler, B. / Schirf, V. / Hansen, J.C. / Nersissian, A.M. ...Hall, L.T. / Sanchez, R.J. / Holloway, S.P. / Zhu, H. / Stine, J.E. / Lyons, T.J. / Demeler, B. / Schirf, V. / Hansen, J.C. / Nersissian, A.M. / Valentine, J.S. / Hart, P.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: X-ray crystallographic and analytical ultracentrifugation analyses of truncated and full-length yeast copper chaperones for SOD (LYS7): a dimer-dimer model of LYS7-SOD association and copper delivery.
著者: Hall, L.T. / Sanchez, R.J. / Holloway, S.P. / Zhu, H. / Stine, J.E. / Lyons, T.J. / Demeler, B. / Schirf, V. / Hansen, J.C. / Nersissian, A.M. / Valentine, J.S. / Hart, P.J.
履歴
登録2000年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYS7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5022
ポリマ－15,4621
非ポリマー401
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.154, 46.326, 73.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 LYS7


分子量: 15462.370 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COPPER CHAPERONE FOR YEAST SOD
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PET3D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40202
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 400, CaCl2, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMTris-HCl1drop
21 mMEDTA1drop
30.5 mMdithiothreitol1drop
450 mg/mlprotein1drop
5100 mMHEPES1reservoir
628 %PEG4001reservoir
7200 mM1reservoirCaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→90 Å / Num. all: 17662 / Num. obs: 17203 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.346 / Num. unique all: 1530 / % possible all: 88.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 78174
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 88.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.55→10 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1719 -random
all0.196 17564 --
obs-17195 97.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1081 0 1 112 1194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.2
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: s_angle_d / Dev ideal: 2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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