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- PDB-1ej3: CRYSTAL STRUCTURE OF AEQUORIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ej3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AEQUORIN
要素AEQUORIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / four EF-hand calcium-binding protein / protein-coelenterazine peroxide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / Aequorin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea aequorea (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Head, J.F. / Inouye, S. / Teranishi, K. / Shimomura, O.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of the photoprotein aequorin at 2.3 A resolution.
著者: Head, J.F. / Inouye, S. / Teranishi, K. / Shimomura, O.
履歴
登録2000年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AEQUORIN
B: AEQUORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2274
ポリマ－43,3162
非ポリマー9112
水3,117173
1
A: AEQUORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1142
ポリマ－21,6581
非ポリマー4551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AEQUORIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1142
ポリマ－21,6581
非ポリマー4551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.270, 81.270, 163.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 AEQUORIN


分子量: 21658.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aequorea aequorea (無脊椎動物) / 器官: LIGHT ORGAN / プラスミド: PIP-HE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02592
#2: 化合物 ChemComp-CZH / C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 455.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Ammonium sulfate, EDTA, BIS-TRIS, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
22 mMEDTA1drop
31.2 Mammonium sulfate1drop
410 mMBis-Tris1drop
563 %satammonium sulfate1reservoir
610 mMBis-Tris1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 23141 / Num. obs: 23141 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 24.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 24.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 2863 / % possible all: 69.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 69.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.4精密化
精密化解像度: 2.3→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1586 -random
Rwork0.219 ---
all0.221 23141 --
obs0.221 23141 92.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2992 0 68 173 3233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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