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- PDB-1eix: STRUCTURE OF OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE FROM E. COL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eix
タイトルSTRUCTURE OF OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE FROM E. COLI, CO-CRYSTALLISED WITH THE INHIBITOR BMP
要素OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / alpha-beta-barrel / protein-inhibitor complex / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleobase-containing small molecule interconversion / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / carboxy-lyase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...: / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BMQ / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Harris, P. / Poulsen, J.C.N. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Structural basis for the catalytic mechanism of a proficient enzyme: orotidine 5'-monophosphate decarboxylase.
著者: Harris, P. / Poulsen, J.C.N. / Jensen, K.F. / Larsen, S.
履歴
登録2000年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
B: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
C: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
D: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,8748
ポリマ－105,5134
非ポリマー1,3614
水6,828379
1
A: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
B: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4374
ポリマ－52,7562
非ポリマー6802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area16890 Å2
手法PISA
2
C: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
D: OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4374
ポリマ－52,7562
非ポリマー6802
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5490 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.280, 95.920, 145.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from chain A and B (or C and D) which are connected by a twofold.

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要素

#1: タンパク質
OROTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE DECARBOXYLASE


分子量: 26378.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PLFF8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08244, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-BMQ / 1-(5'-PHOSPHO-BETA-D-RIBOFURANOSYL)BARBITURIC ACID


タイプ: RNA linking / 分子量: 340.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O10P / 詳細: SIGMA
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8000, magnesium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
128 %PEG80001reservoir
20.2 M1reservoirMgCl2
30.1 MMES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 0.9902
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 102335 / Num. obs: 29678 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.243 / Num. unique all: 4946 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Num. measured all: 102335
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 92.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化解像度: 2.5→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1461 -random
Rwork0.191 ---
all0.194 29678 --
obs0.194 29640 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7007 0 88 379 7474
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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