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- PDB-1ei7: TMV COAT PROTEIN REFINED FROM THE 4-LAYER AGGREGATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ei7
タイトルTMV COAT PROTEIN REFINED FROM THE 4-LAYER AGGREGATE
要素COAT PROTEIN
キーワードVIRUS / disordered loops / Viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein / Capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Bhyravbhatla, B. / Watowich, S.J. / Caspar, D.L.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1998
タイトル: Refined atomic model of the four-layer aggregate of the tobacco mosaic virus coat protein at 2.4-A resolution.
著者: Bhyravbhatla, B. / Watowich, S.J. / Caspar, D.L.
履歴
登録2000年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年2月20日Group: Refinement description
改定 1.42017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52018年10月31日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct_keywords
Item: _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0112
ポリマ－35,0112
非ポリマー00
水6,017334
1
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
x 34


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,190,36968
ポリマ－1,190,36968
非ポリマー00
水1,22568
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation33
2


  • 登録構造と同一
  • point asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • point asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
4
A: COAT PROTEIN
B: COAT PROTEIN
x 17


  • crystal asymmetric unit
  • 595 kDa, 34 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)595,18434
ポリマ－595,18434
非ポリマー00
水61334
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation16
単位格子
Length a, b, c (Å)220.845, 171.701, 226.175
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 17-2
シェーンフリース記号: D17 (2回x17回 2面回転対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.93224, -0.00029, 0.36183), (-0.00372, 0.99994, 0.01038), (-0.36181, -0.01103, 0.93218)20.18047, 0.20869, -3.78013
3generate(0.74391, -0.00074, 0.66828), (-0.0105, 0.99986, 0.01279), (-0.66819, -0.01653, 0.7438)37.9883, 0.17812, -14.15205
4generate(0.45365, -0.00612, 0.89116), (-0.01431, 0.9998, 0.01415), (-0.89107, -0.01917, 0.45347)50.65093, 0.5423, -30.45459
5generate(0.09759, -0.01318, 0.99514), (-0.01941, 0.9997, 0.01514), (-0.99504, -0.02079, 0.09731)56.30202, 0.70238, -50.5205
6generate(-0.27098, -0.01954, 0.96239), (-0.02757, 0.99954, 0.01253), (-0.96219, -0.02313, -0.27139)54.35301, 0.3265, -71.2825
7generate(-0.60247, -0.02547, 0.79774), (-0.03286, 0.99943, 0.00709), (-0.79747, -0.02194, -0.60297)45.00132, -0.1332, -89.92058
8generate(-0.84544, -0.03172, 0.53312), (-0.03622, 0.99934, 0.00202), (-0.53283, -0.0176, -0.84604)30.67869, -0.37622, -103.61692
9generate(-0.98129, -0.03713, 0.18894), (-0.03791, 0.99928, -0.00054), (-0.18878, -0.00769, -0.98199)11.05551, -0.25163, -111.4089
10generate(-0.98299, -0.03869, -0.17954), (-0.03856, 0.99925, -0.00418), (0.17956, 0.00282, -0.98374)-9.89218, -0.33599, -111.49278
11generate(-0.85099, -0.0325, -0.52418), (-0.03353, 0.99941, -0.00753), (0.52411, 0.01117, -0.85158)-29.36683, -0.57198, -103.94043
12generate(-0.60598, -0.02966, -0.79492), (-0.02827, 0.99948, -0.01574), (0.79497, 0.01293, -0.60651)-44.43472, -1.14319, -90.03773
13generate(-0.2761, -0.02324, -0.96085), (-0.02051, 0.99962, -0.01828), (0.96091, 0.01466, -0.27648)-53.83889, -1.31207, -71.54736
14generate(0.09036, -0.01551, -0.99579), (-0.01151, 0.9998, -0.01661), (0.99584, 0.01296, 0.09017)-55.79969, -1.3499, -50.95012
15generate(0.44449, -0.00846, -0.89574), (-0.00449, 0.99992, -0.01168), (0.89577, 0.00921, 0.44442)-50.13938, -1.20083, -31.05274
16generate(0.73276, -0.00779, -0.68044), (-0.00252, 0.9999, -0.01415), (0.68048, 0.01208, 0.73267)-37.54948, -0.85093, -14.74149
17generate(0.93234, -0.00558, -0.36155), (0.00141, 0.99993, -0.01179), (0.36159, 0.01048, 0.93228)-20.2436, -0.41613, -3.6987

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要素

#1: タンパク質 COAT PROTEIN


分子量: 17505.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (ウイルス) / 属: Tobamovirus / 参照: UniProt: P03570, UniProt: P69687*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 300 K / 手法: microdialysis / pH: 8
詳細: 0.3 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Tris/HCl pH 8.0, 14 mg/ml protein concentration, MICRODIALYSIS, temperature 300K
結晶化
*PLUS
手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein11
20.2 Mammonium sulfate11
30.1 MTris-HCl11
40.3 Mammonium sulfate12
50.1 MTris-HCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5412
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.9 Å / Num. all: 429646 / Num. obs: 218046 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.45→29.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / % possible all: 65
反射
*PLUS
% possible obs: 65.7 % / Num. measured all: 429646

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-GENデータ削減
XDSデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.45→29.9 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huder
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 21804 -random
Rwork0.195 ---
all-429646 --
obs-218046 69 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 0 334 2804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.97
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 29.9 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_bond_d / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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