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- PDB-1ei3: CRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE CHICKEN FIBRINOGEN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ei3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NATIVE CHICKEN FIBRINOGEN
要素(FIBRINOGEN) x 3
キーワードBLOOD CLOTTING / coiled coils / disulfide rings / fibrin forming entities
機能・相同性
機能・相同性情報


blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein polymerization / fibrinolysis / cell-matrix adhesion / platelet activation / platelet aggregation / protein-macromolecule adaptor activity ...blood coagulation, common pathway / fibrinogen complex / blood coagulation, fibrin clot formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / protein polymerization / fibrinolysis / cell-matrix adhesion / platelet activation / platelet aggregation / protein-macromolecule adaptor activity / : / signaling receptor binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain ...Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen alpha C domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, coiled coil domain / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha/beta chain family / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen, conserved site / Fibrinogen C-terminal domain signature. / Fibrinogen-related domains (FReDs) / Fibrinogen beta and gamma chains, C-terminal globular domain / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular, subdomain 1 / Fibrinogen, alpha/beta/gamma chain, C-terminal globular domain / Fibrinogen-like, C-terminal / Fibrinogen C-terminal domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibrinogen gamma chain / Fibrinogen alpha chain / Fibrinogen beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Yang, Z. / Mochalkin, I. / Veerapandian, L. / Riley, M. / Doolittle, R.F.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of native chicken fibrinogen at 5.5-A resolution.
著者: Yang, Z. / Mochalkin, I. / Veerapandian, L. / Riley, M. / Doolittle, R.F.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Crystal Structures of Fragment D from Human Fibrinogen and its Crosslinked Countepart from Fibrin
著者: Spraggon, G. / Everse, S.J. / Doolittle, R.F.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of Fragment Double-D from Human Fibrin with Two Different Bound Ligands
著者: Everse, S.J. / Spraggon, G. / Veerapandian, L. / Riley, M. / Doolittle, R.F.
履歴
登録2000年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRINOGEN
B: FIBRINOGEN
C: FIBRINOGEN
D: FIBRINOGEN
E: FIBRINOGEN
F: FIBRINOGEN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,3256
ポリマ－308,3256
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.726, 101.849, 210.232
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 106.710, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FIBRINOGEN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 54288.000 Da / 分子数: 2 / 断片: ALPHA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Tissue fraction: BLOOD PLASMA / 参照: UniProt: P14448
#2: タンパク質 FIBRINOGEN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 52874.277 Da / 分子数: 2 / 断片: BETA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Tissue fraction: BLOOD PLASMA / 参照: UniProt: Q02020
#3: タンパク質 FIBRINOGEN / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 47000.098 Da / 分子数: 2 / 断片: GAMMA CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / Tissue fraction: BLOOD PLASMA / 参照: UniProt: O93568

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.75
詳細: PEG 3350, imidazole, calcium chloride, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 65 %
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlprotein1drop
20.15 M1dropNaCl
30.05 Mimidazole1drop
43-4 %(v/v)PEG33501reservoir
50.05 Mimidazole1reservoir
62 mM1reservoirCaCl2
71 mMsodium azide1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.04
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5→50 Å / Num. all: 113182 / Num. obs: 45940 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.5
反射
*PLUS
Num. obs: 16412 / Num. measured all: 45940
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 5.5 Å / 最低解像度: 5.9 Å / % possible obs: 65.4 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化最高解像度: 5.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 5.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1896 0 0 0 1896
精密化
*PLUS
最高解像度: 5.5 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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