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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eh9 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SULFOLOBUS SOLFATARICUS GLYCOSYLTREHALOSE TREHALOHYDROLASE | ||||||
要素 | GLYCOSYLTREHALOSE TREHALOHYDROLASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / trehalose / trehalohydrolase / Sulfolobus solfataricus / alpha/beta barrel / calcium binding / covalent dimer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-alpha-D-{(1->4)-alpha-D-glucano}trehalose trehalohydrolase / 4-alpha-D-(1->4)-alpha-D-glucanotrehalose trehalohydrolase activity / trehalose biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Feese, M.D. / Kato, Y. / Tamada, T. / Kato, M. / Komeda, T. / Kobayashi, K. / Kuroki, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of glycosyltrehalose trehalohydrolase from the hyperthermophilic archaeum Sulfolobus solfataricus. 著者: Feese, M.D. / Kato, Y. / Tamada, T. / Kato, M. / Komeda, T. / Miura, Y. / Hirose, M. / Hondo, K. / Kobayashi, K. / Kuroki, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eh9.cif.gz | 121.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eh9.ent.gz | 98.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eh9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/1eh9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/1eh9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64741.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / プラスミド: PGUSS2 / 発現宿主: Pichia jadinii (菌類) / 参照: UniProt: Q55088, alpha-amylase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.6-1.1 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 282K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 282 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: CHARLES SUPPER DOUBLE-MIRROR FOCUSING SYSTEM |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→55.9 Å / Num. all: 192375 / Num. obs: 21882 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.873 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 85 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 192375 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 85 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: conjugate direction
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: Moews and Kretsinger (1975) J. Mol. Biol., 91: 201-228 Bsol: 686.085 Å2 / ksol: 0.905 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection Rfree: 1116 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.209 / Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.1 Å / Rfactor Rfree: 0.344 / Rfactor obs: 0.264 |