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万見
- PDB-1eh5: CRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 COMPLEXED W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eh5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1 COMPLEXED WITH PALMITATE
要素PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
キーワードHYDROLASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / membrane raft organization / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of pinocytosis / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process ...protein depalmitoylation / palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / sulfatide binding / pinocytosis / membrane raft organization / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / positive regulation of pinocytosis / lysosomal lumen acidification / lipid catabolic process / receptor-mediated endocytosis / negative regulation of cell growth / brain development / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / endocytosis / synaptic vesicle / protein transport / nervous system development / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / membrane raft / axon / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / extracellular region / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Palmitoyl protein thioesterase / Palmitoyl protein thioesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Palmitoyl-protein thioesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / difference fourier / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C. / Lu, J.Y. / Das, A.K. / Hofmann, S.L. / Clardy, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: The crystal structure of palmitoyl protein thioesterase 1 and the molecular basis of infantile neuronal ceroid lipofuscinosis.
著者: Bellizzi III, J.J. / Widom, J. / Kemp, C. / Lu, J.Y. / Das, A.K. / Hofmann, S.L. / Clardy, J.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Mutations in the Palmitoyl Protein Thioesterase Gene Causing Infantile Neuronal Ceroid Lipofuscinosis
著者: Vesa, J. / Hellsten, E. / Verkruyse, L.A. / Camp, L.A. / Rapola, J. / Santavuori, P. / Hofmann, S.L. / Peltonen, L.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Purification and Properties of a Palmitoyl Protein Thioesterase that Cleaves Palmitate from H-Ras
著者: Camp, L.A. / Hofmann, S.L.
履歴
登録2000年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52018年1月31日Group: Database references / Experimental preparation / カテゴリ: citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details
改定 1.62018年2月28日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5705
ポリマ－31,4471
非ポリマー1,1234
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.520, 67.520, 128.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 PALMITOYL PROTEIN THIOESTERASE 1


分子量: 31447.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 解説: 10 L BIOREACTOR / Cell (発現宿主): SF21 CELLS
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P45478, palmitoyl[protein] hydrolase
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細Asn197, Asn212 and Asn232 are glycosylated. The OG of Ser115 is covalently modified by palmitate.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.041 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 55% Polypropylene Glycol 400, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
155 %PEG4001reservoir
2100 mMBis-Tris1reservoir
312 mg/mlPPT11drop
42 mg/mlpalmitoyl-CoA1drop
520 mMHEPES1drop
6150 mM1dropNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1.0088
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→21.064 Å / Num. all: 47325 / Num. obs: 46474 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Num. unique all: 1507 / % possible all: 97.8
反射
*PLUS
最低解像度: 41.2 Å / Num. obs: 10620 / % possible obs: 97.4 % / Num. measured all: 113623

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータ削減
CNS精密化
CCP4(SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: difference fourier
開始モデル: 1ei9 (uncomplexed ppt1)

1ei9


解像度: 2.5→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high rms absF: 1390208.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: Generated parameter/topology files for palmitate with XPLO2D
詳細: Used simulated annealing, energy minimization, individual B-factor refinement. Used isotropic B-factor correction and bulk solvent correction.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 512 4.8 %Random
Rwork0.2262 ---
all0.2337 10900 --
obs0.2337 10620 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 49.5058 Å2 / ksol: 0.34248 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2210 0 73 36 2319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.042.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.039
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 92 5.3 %
Rwork0.318 1628 -
obs--97.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramcarbohydrate.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.8 % / Rfactor obs: 0.226 / Rfactor Rfree: 0.27
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.374 / % reflection Rfree: 5.3 % / Rfactor Rwork: 0.318

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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