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- PDB-1egz: CELLULASE CEL5 FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI, A FAMILY GH 5-2 ENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1egz
タイトルCELLULASE CEL5 FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI, A FAMILY GH 5-2 ENZYME
要素ENDOGLUCANASE Z
キーワードHYDROLASE / GLYCOSYL HYDROLASE / CLAN GH-A / FAMILY 5-2 / CELLULASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endoglucanase Z, cellulose-binding domain / Cellulose-binding domain / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases ...Endoglucanase Z, cellulose-binding domain / Cellulose-binding domain / Chitin-binding domain type 3 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Erwinia chrysanthemi (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Czjzek, M. / El Hassouni, M. / Py, B. / Barras, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Type II protein secretion in gram-negative pathogenic bacteria: the study of the structure/secretion relationships of the cellulase Cel5 (formerly EGZ) from Erwinia chrysanthemi
著者: Chapon, M. / Czjzek, M. / El Hassouni, M. / Py, B. / Juy, M. / Barras, F.
履歴
登録1999年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE Z
B: ENDOGLUCANASE Z
C: ENDOGLUCANASE Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5246
ポリマ－96,4043
非ポリマー1203
水5,999333
1
A: ENDOGLUCANASE Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1752
ポリマ－32,1351
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ENDOGLUCANASE Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1752
ポリマ－32,1351
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ENDOGLUCANASE Z
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1752
ポリマ－32,1351
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)168.800, 47.200, 120.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.00, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.13187, -0.03228, 0.99074), (0.43686, 0.89528, 0.08732), (-0.88981, 0.44433, -0.10396)-111.24346, -29.71191, 25.89464
2given(-0.85794, -0.51297, -0.02815), (0.51364, -0.85539, -0.06695), (0.01027, -0.0719, 0.99736)37.33757, 33.30179, -40.37063

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE Z / E.C.3.2.1.4 / EGZ / CEL5


分子量: 32134.514 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GENE: CELZ / 由来: (天然) Erwinia chrysanthemi (バクテリア) / 属: Dickeya / 細胞内の位置: EXTERIOR / Secretion: TYPE II / 参照: UniProt: P07103, cellulase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SECRETED (MATURE) PROTEIN, CONSISTING ONLY OF THE CATALYTIC DOMAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION HANGING DROP; PEG 4000 28%, TRIS PH 8.0 20 MM, MGSO4 20 MM, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
17.5 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1droppH8.0
328 %(w/v)PEG40001reservoir
420 mMTris-HCl1reservoir
520 mM1reservoirMgSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE SINGLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29 Å / Num. obs: 38365 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rsym value: 0.45 / % possible all: 97
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.086
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / % possible obs: 97 % / Num. unique obs: 1749 / Rmerge(I) obs: 0.373

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1A3H

1a3h


解像度: 2.3→29 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1616 4 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs-33555 81.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.4 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6806 0 3 333 7142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 171 3.6 %
Rwork0.261 3141 -
obs--69.2 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 32807 / Rfactor obs: 0.187 / Rfactor Rfree: 0.226 / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.13
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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