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- PDB-1efa: CRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1efa
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE LAC REPRESSOR DIMER BOUND TO OPERATOR AND THE ANTI-INDUCER ONPF
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
  • LAC REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-dna complex / helix-turn-helix / gene regulation / molecular switch / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily ...LacI-type HTH domain signature. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside / DNA / DNA (> 10) / Lactose operon repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Bell, C.E. / Lewis, M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: A closer view of the conformation of the Lac repressor bound to operator.
著者: Bell, C.E. / Lewis, M.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of the lactose operon repressor and its complexes with DNA and inducer
著者: Lewis, M. / Chang, G. / Horton, N.C. / Kercher, M.A. / Pace, H.C.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of lac repressor core tetramer and its implications for DNA looping
著者: Friedman, A.M. / Fischmann, T.O. / Steitz, T.A.
#3: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: The solution structure of lac repressor headpiece 62 complexed to a symmetrical lac operator sequence determined by NMR and restrained molecular dynamics
著者: Spronk, C.A.E.M. / Bonvin, A.M.J.J. / Radha, P.K. / Melacini, G. / Boelens, R.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Refined structure of lac repressor headpiece (1-56) determined by relaxation matrix calculations from 2D and 3D NOE data: change of tertiary structure upon binding to the lac operator
著者: Slijper, M. / Bonvin, A.M. / Boelens, R. / Kaptein, R.
履歴
登録2000年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
A: LAC REPRESSOR
B: LAC REPRESSOR
C: LAC REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,0518
ポリマ－120,1955
非ポリマー8563
水1,11762
1
D: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')
A: LAC REPRESSOR
B: LAC REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0086
ポリマ－84,4384
非ポリマー5712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: LAC REPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0422
ポリマ－35,7571
非ポリマー2851
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)251.438, 251.438, 204.791
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Cell settingtrigonal
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-907-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*T*TP*GP*TP*GP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*CP*AP*CP*AP*AP*TP*T)-3')


分子量: 6462.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 LAC REPRESSOR


分子量: 35756.797 Da / 分子数: 3 / Fragment: RESIDUES 1-333 / Mutation: ALA109THR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03023
#3: 糖 ChemComp-NPF / 2-nitrophenyl beta-D-fucopyranoside / ORTHONITROPHENYL-BETA-D-FUCOPYRANOSIDE / 2-nitrophenyl 6-deoxy-beta-D-galactopyranoside / 2-nitrophenyl beta-D-fucoside / 2-nitrophenyl D-fucoside / 2-nitrophenyl fucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 285.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15NO7
識別子タイププログラム
orthonitrophenyl-b-D-fucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, PEG 400, HEPES, Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1HEPES11
2ammonium sulfate11
3PEG 40011
4Glycerol11
5ammonium sulfate12
6PEG 40012
7Glycerol12
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
114 mg/mlLac dimer1
410 %PEG40012
52.0 Msodium sulphate1
60.1 MHEPES1
714 %glycerol1
2DNA11.5-fold molar excess
3ONPF110-fold excess

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→17 Å / Num. all: 75989 / Num. obs: 74896 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 43.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Num. unique all: 6272 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 392400
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.6→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 953713.59 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 3485 5 %RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 69506 93.1 %-
all-75989 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.17 Å2 / ksol: 0.477 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 69.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.63 Å27.39 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---3.26 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7022 694 60 62 7838
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.482
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it0.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.572.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 510 4.9 %
Rwork0.332 9977 -
obs--84.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PAPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PADNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4PARAM.ONPFTOP.ONPF
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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