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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ee6 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PECTATE LYASE FROM BACILLUS SP. STRAIN KSM-P15. | ||||||
![]() | PECTATE LYASE![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() pectin biosynthetic process / ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Akita, M. / Suzuki, A. / Kobayashi, T. / Ito, S. / Yamane, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The first structure of pectate lyase belonging to polysaccharide lyase family 3. 著者: Akita, M. / Suzuki, A. / Kobayashi, T. / Ito, S. / Yamane, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 49.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 20947.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.14 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: PEG 8000, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 10063 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / Rmerge(I) obs: 0.204 / % possible all: 98.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 詳細: Four disordered side-chain(1A,7E,20K,39K) were excluded in refinement stage.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 3 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 2.7 |