PDB-1edu: CRYSTAL STRUCTURE OF THE ENTH DOMAIN OF RAT EPSIN 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1edu

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ENTH DOMAIN OF RAT EPSIN 1

要素

EH domain binding protein EPSIN

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / ALPHA-HELIX / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of clathrin coat assembly / EGFR downregulation / negative regulation of sprouting angiogenesis / clathrin vesicle coat / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin coat assembly / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / membrane fission / clathrin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Hyman, J.H. / Chen, H. / Decamilli, P. / Brunger, A.T.

引用

ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2000
タイトル: Epsin 1 undergoes nucleocytosolic shuttling and its eps15 interactor NH(2)-terminal homology (ENTH) domain, structurally similar to Armadillo and HEAT repeats, interacts with the ...
著者: Hyman, J. / Chen, H. / Di Fiore, P.P. / De Camilli, P. / Brunger, A.T.

履歴

登録	2000年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1edu.cif.gz	44.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1edu.ent.gz	31.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1edu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1edu_validation.pdf.gz	439.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1edu_full_validation.pdf.gz	441.5 KB	表示
XML形式データ	1edu_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	1edu_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/1edu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/1edu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7jg4-d 6kok-1 6qgv-d 6zbo-2 7jg0-d 1men-3 5zhf-1 5zhw-2 1men-2 5wl6-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: EH domain binding protein EPSIN

ヘテロ分子

17.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.807, 49.807, 99.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	EH domain binding protein EPSIN 分子量: 17559.980 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / Cell: NEURON / 器官: BRAIN / プラスミド: PGEX6T-1 / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: O88339
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.65 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Na-HEPES, ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K

結晶

*PLUS

溶媒含有率: 40 %

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID
1	7.5 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium-HEPES	1	reservoir
3	10 %	PEG1000	1	reservoir
4	8 %	ethylene glycol	1	reservoir

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	105	1
2	105	1
3	105	1
4	105	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	1	1.06883
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	2	0.97984
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	3	0.97961
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	4	0.92526

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	1999年6月15日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	1999年6月15日
ADSC QUANTUM 4	3	CCD	1999年6月15日
ADSC QUANTUM 4	4	CCD	1999年6月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.06883	1
2	0.97984	1
3	0.97961	1
4	0.92526	1

反射

解像度: 1.8→60 Å / Num. all: 25701 / Num. obs: 24057 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 17.9337 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 25.26

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.22 / Num. unique all: 2560 / % possible all: 68.3

反射

*PLUS

冗長度: 5.44 %

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 68.3 % / 冗長度: 2.03 % / R_merge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 2.8

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CNS	精密化
DENZO	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

解像度: 1.8→500 Å / 立体化学のターゲット値: huber/engh

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	2241	-	random
R_work	0.206	-	-	-
all	-	25723	-	-
obs	-	23618	91.8 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→500 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1210	0	16	63	1289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.05835
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.00507
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_deg	17.7785
X-RAY DIFFRACTION	c_torsion_impr_deg	0.66397

ソフトウェア

*PLUS

名称: CNS / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 500 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 20.9 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	18
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.68

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / R_factor R_free: 0.246 / R_factor obs: 0.252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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