[日本語] English
万見
- PDB-1edp: CONFORMATIONAL ISOMERISM OF ENDOTHELIN IN ACIDIC AQUEOUS MEDIA: A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1edp
タイトルCONFORMATIONAL ISOMERISM OF ENDOTHELIN IN ACIDIC AQUEOUS MEDIA: A QUANTITATIVE NOESY ANALYSIS
要素ENDOTHELIN-1 PRECURSOR
キーワードVASOCONSTRICTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / neural crest cell fate commitment ...endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / noradrenergic neuron differentiation / histamine secretion / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / leukocyte activation / maternal process involved in parturition / rough endoplasmic reticulum lumen / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / body fluid secretion / positive regulation of sarcomere organization / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / positive regulation of cation channel activity / heparin proteoglycan metabolic process / Weibel-Palade body / podocyte differentiation / response to ozone / endothelin receptor signaling pathway / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / response to leptin / axonogenesis involved in innervation / glomerular filtration / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / renal sodium ion absorption / artery smooth muscle contraction / renal albumin absorption / positive regulation of prostaglandin secretion / cellular response to luteinizing hormone stimulus / protein transmembrane transport / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / cellular response to mineralocorticoid stimulus / regulation of pH / positive regulation of smooth muscle contraction / vasoconstriction / respiratory gaseous exchange by respiratory system / positive regulation of renal sodium excretion / basal part of cell / response to salt / positive regulation of hormone secretion / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / signal transduction involved in regulation of gene expression / axon extension / dorsal/ventral pattern formation / embryonic heart tube development / cellular response to toxic substance / cellular response to fatty acid / cartilage development / establishment of endothelial barrier / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of urine volume / negative regulation of protein metabolic process / superoxide anion generation / cellular response to glucocorticoid stimulus / nitric oxide transport / response to dexamethasone / branching involved in blood vessel morphogenesis / middle ear morphogenesis / response to testosterone / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / thyroid gland development / negative regulation of blood coagulation / response to amino acid / positive regulation of cell size / membrane depolarization / cellular response to interleukin-1 / canonical Wnt signaling pathway / cAMP/PKA signal transduction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / regulation of vasoconstriction / positive regulation of heart rate / transport vesicle / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / response to muscle stretch / positive regulation of mitotic nuclear division / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cellular response to calcium ion / cytokine activity
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Andersen, N.H. / Chen, C.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: Conformational isomerism of endothelin in acidic aqueous media: a quantitative NOESY analysis.
著者: Andersen, N.H. / Chen, C.P. / Marschner, T.M. / Krystek Jr., S.R. / Bassolino, D.A.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: Conformation of Endothelin in Aqueous Ethylene Glycol Determined by 1H-NMR and Molecular Dynamics Simulations
著者: Krystekjunior, S.R. / Bassolino, D.A. / Novotny, J. / Chen, C. / Marschner, T.M. / Andersen, N.H.
履歴
登録1991年12月16日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ENDOTHELIN-1 PRECURSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,9701
ポリマ－1,9701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ENDOTHELIN-1 PRECURSOR


分子量: 1970.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05305
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR

-
試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

-
解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software名称: X-PLOR / 開発者: BRUNGER / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る