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万見
- PDB-1edg: SINGLE CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION OF THE CATALYTIC DOMAIN OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1edg
タイトルSINGLE CRYSTAL STRUCTURE DETERMINATION OF THE CATALYTIC DOMAIN OF CELCCA CARRIED OUT AT 15 DEGREE C
要素ENDOGLUCANASE A
キーワードCELLULOSE DEGRADATION / FAMILY A / CELLULASES / XYLANASES / FAMILY 5 OF GLYCOSYL HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 ...: / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium cellulolyticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ducros, V. / Czjzek, M. / Haser, R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the catalytic domain of a bacterial cellulase belonging to family 5.
著者: Ducros, V. / Czjzek, M. / Belaich, A. / Gaudin, C. / Fierobe, H.P. / Belaich, J.P. / Davies, G.J. / Haser, R.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1991
タイトル: Characterization of Endoglucanase a from Clostridium Cellulolyticum
著者: Fierobe, H.P. / Gaudin, C. / Belaich, A. / Loutfi, M. / Faure, E. / Bagnara, C. / Baty, D. / Belaich, J.P.
履歴
登録1995年7月7日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOGLUCANASE A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1351
ポリマ－43,1351
非ポリマー00
水6,756375
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.400, 76.200, 113.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ENDOGLUCANASE A / ENDO-(1 / 4)-BETA-GLUCANASE / CELCCA


分子量: 43135.414 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, C TERMINUS TRUNCATED / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FAMILY 5 OF GLYCOSYL HYDROLASES
由来: (組換発現) Clostridium cellulolyticum (バクテリア)
株: H10 / 遺伝子: CELCCA / プラスミド: PJF118EH / 遺伝子 (発現宿主): CELCCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17901, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: CRYSTALS WERE GROWN AT 4 DEGREES C AND PH 6.0, temperature 277K
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Roig, V., (1993) J. Mol. Biol., 233, 325.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
113 mg/mlenzyme1drop
320-23 %(w/v)PEG40001reservoir
450-100 mMsodium citrate1reservoir
2reservoir1drop0.002ml

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X3110.87
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG BW7B20.998
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1IMAGE PLATE1994年11月14日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE AREA DETECTOR1994年11月17日
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.871
20.9981
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 59967 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射
*PLUS
最高解像度: 1.6 Å / Num. measured all: 355167 / Rmerge(I) obs: 0.072

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.6→7 Å / σ(F): 2
詳細: THE SIDE CHAIN ATOMS OF TRP 181 AND ARG 358 WERE MODELED WITH PARTIAL OCCUPATION OF 0.7. THE SIDE CHAIN ATOMS OF ASN 46 WERE MODELED WITH PARTIAL OCCUPATION OF 0.6.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 --
Rwork0.191 --
obs0.191 53913 98.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 17.35 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3035 0 0 375 3410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2315
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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