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- PDB-1ecu: SOLUTION STRUCTURE OF E2F BINDING DNA FRAGMENT GCGCGAAAC-T-GTTTCGCGC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ecu
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF E2F BINDING DNA FRAGMENT GCGCGAAAC-T-GTTTCGCGC
要素DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*C)-3')
キーワードDNA / double strands / loop
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / Molecular Dynamics with Particle-Particle Particle-Mesh method; Iterative Relaxation Matrix Approach with generalized order parameters
データ登録者Wu, J.H. / Chang, C. / Pei, J.M. / Xiao, Q. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: to be published / 年: 2000
タイトル: Solution structure of E2F binding DNA fragment GCGCGAAAC-T-GTTTCGCGC studied by Molecular Dynamics Simulation and Two Dimensional NMR experiment
著者: Wu, J.H. / Chang, C. / Pei, J.M. / Xiao, Q. / Shi, Y.Y.
履歴
登録2000年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8221
ポリマ－5,8221
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)2 / 2all calculated structures submitted
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*CP*TP*GP*TP*TP*TP*CP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 5821.759 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT OF E2F BINDING DNA / 由来タイプ: 合成
詳細: The sequence is formed by adding CTG loop to ends of ds(GCGCGAAA:TTTCGCGC), which occurs naturally in humans.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY
NMR実験の詳細Text: Solvent suppression was realized by WATERGATE method.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13.5mM DNA fragment; 50mM phosphate buffer, pH 7.0; 150mM NaCl; 1mM EDTA; 1mM NaN3; 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
2same as 1 except in D2O99.96% D2O
試料状態イオン強度: 150mM NaCl / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.1Brukercollection
IRMA0.1Alexandre Bonviniterative matrix relaxation
GROMOS96W.F.van Gunsteren精密化
精密化手法: Molecular Dynamics with Particle-Particle Particle-Mesh method; Iterative Relaxation Matrix Approach with generalized order parameters
ソフトェア番号: 1
詳細: Initial structure for model 1 is A-DNA, while that for model 2 is B-DNA. First we applied 640ps free MD with 18 Na+ counterions and 2789 waters for A-DNA and 2303 waters for B-DNA. Then we ...詳細: Initial structure for model 1 is A-DNA, while that for model 2 is B-DNA. First we applied 640ps free MD with 18 Na+ counterions and 2789 waters for A-DNA and 2303 waters for B-DNA. Then we applied 4 cycles of IRMA with 174 NOE restraints and 19 hydrogen bond restraints
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 2 / 登録したコンフォーマーの数: 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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