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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ecd | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF ERYTHROCRUORIN IN DIFFERENT LIGAND STATES REFINED AT 1.4 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
要素 | ERYTHROCRUORIN (AQUO MET) | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chironomus thummi thummi (昆虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.4 Å | ||||||
データ登録者 | Steigemann, W. / Weber, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979 タイトル: Structure of erythrocruorin in different ligand states refined at 1.4 A resolution. 著者: Steigemann, W. / Weber, E. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978 タイトル: The Structure of Oxy-Erythrocruorin at 1.4 Angstroms Resolution 著者: Weber, E. / Steigemann, W. / Jones, T.A. / Huber, R. #2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1971 タイトル: The Atomic Structure of Erythrocruorin in the Light of the Chemical Sequence and its Comparison with Myoglobin 著者: Huber, R. / Epp, O. / Steigemann, W. / Formanek, H. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1970 タイトル: Structures of Deoxy-and Carbomonoxy-Erythrocruorin 著者: Huber, R. / Epp, O. / Formanek, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ecd.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ecd.ent.gz | 28.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ecd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ecd_validation.pdf.gz | 469 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ecd_full_validation.pdf.gz | 473.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ecd_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ecd_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 74 IS A CIS-PROLINE. 2: AN OCCUPANCY OF 0.0 DENOTES ATOMS THAT HAVE NOT BEEN LOCALIZED IN THE ELECTRON DENSITY. 3: THIS HALF OCCUPIED WATER MOLECULE IS THE *SIXTH* LIGAND IN THE REDUCED DEOXY FORM. IT IS LOCATED APPROXIMATELY AT THE SAME POSITION AS THE WATER OF THE AQUO MET FORM 3 ANGSTROMS APART FROM THE IRON. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14800.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chironomus thummi thummi (昆虫) / 生物種: Chironomus thummi / 株: thummi / 参照: UniProt: P02229 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: other詳細: Braun, V., (1968) Hoppe Seylers Z Physiol Chem., 349, 197. |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.45 Å / Num. all: 27170 / Num. obs: 20751 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
-解析
精密化 | 最高解像度: 1.4 Å | ||||||||||||
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.4 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 7.8 Å / Rfactor obs: 0.183 / 最高解像度: 1.45 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |