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- PDB-1ebt: HEMOGLOBIN I FROM THE CLAM LUCINA PECTINATA BOUND WITH CYANIDE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ebt
タイトルHEMOGLOBIN I FROM THE CLAM LUCINA PECTINATA BOUND WITH CYANIDE
要素HEMOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEMOGLOBIN / OXYGEN CARRIER / GLOBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen transport / oxygen binding / heme binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Erythrocruorin / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Lucina pectinata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rosano, C. / Bolognesi, M. / Ascenzi, P.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1999
タイトル: Cyanide binding to Lucina pectinata hemoglobin I and to sperm whale myoglobin: an x-ray crystallographic study.
著者: Bolognesi, M. / Rosano, C. / Losso, R. / Borassi, A. / Rizzi, M. / Wittenberg, J.B. / Boffi, A. / Ascenzi, P.
履歴
登録1998年11月4日処理サイト: BNL
改定 1.02000年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3873
ポリマ－14,7441
非ポリマー6432
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.670, 38.760, 42.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN


分子量: 14744.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lucina pectinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P41260
#2: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 5.75 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 %myoglobin11
2100 %ammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→24 Å / Num. obs: 12085 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2.2 %
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 24 Å / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
TNT5E精密化
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FLP

1flp


解像度: 1.9→24 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
反射数%反射
all12085 -
obs12085 93 %
溶媒の処理Bsol: 57.8 Å2 / ksol: 0.84 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1036 0 45 79 1160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01511061.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.39714862
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d14.1766370
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.016282.5
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0111639
X-RAY DIFFRACTIONt_it2.321105910
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0621115
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg14.1760
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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