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- PDB-1ebo: CRYSTAL STRUCTURE OF THE EBOLA VIRUS MEMBRANE-FUSION SUBUNIT, GP2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ebo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE EBOLA VIRUS MEMBRANE-FUSION SUBUNIT, GP2, FROM THE ENVELOPE GLYCOPROTEIN ECTODOMAIN
要素EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
キーワードVIRAL PROTEIN / MEMBRANE FUSION SUBUNIT
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / symbiont-mediated-mediated suppression of host tetherin activity / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / : / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / : / Envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Ebola virus sp. (エボラウイルス)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Weissenhorn, W. / Carfi, A. / Lee, K.H. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the Ebola virus membrane fusion subunit, GP2, from the envelope glycoprotein ectodomain.
著者: Weissenhorn, W. / Carfi, A. / Lee, K.H. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
履歴
登録1998年11月3日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
B: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
C: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
D: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
E: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
F: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,42411
ポリマ－92,1576
非ポリマー2675
水00
1
A: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
B: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
C: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1795
ポリマ－46,0783
非ポリマー1012
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12310 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area17290 Å2
手法PISA
2
D: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
E: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
F: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2456
ポリマ－46,0783
非ポリマー1663
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12070 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area17150 Å2
手法PISA
3
D: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
E: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
F: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
ヘテロ分子

A: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
B: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
C: EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,42411
ポリマ－92,1576
非ポリマー2675
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556x+1/2,y+1/2,z+11
Buried area24090 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area34480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.702, 32.691, 168.863
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.23, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
EBOLA VIRUS ENVELOPE PROTEIN CHIMERA CONSISTING OF A FRAGMENT OF GCN4 ZIPPER CLONED N-TERMINAL TO A FRAGMENT OF GP2


分子量: 15359.446 Da / 分子数: 6 / 断片: GCN4 IS RESIDUE 3 - 32, GP2 IS RESIDUE 51 - 133 / 変異: C55E, C108R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ebola virus sp. (エボラウイルス)
属: Ebola-like viruses / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q913A3, GenBank: 4389202, GenBank: 4389203, GenBank: 4389204, GenBank: 4389205, GenBank: 4389206, UniProt: O11457*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5
結晶化
*PLUS
pH: 9.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.02ml of protein solution was mixed with 0.01ml of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
3100 mMTris-HCl1reservoir
430-34 %PEG40001reservoir
5220 mMammonium sulfate1reservoir
61.0 %dioxane1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-13 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 17123 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.083
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / 冗長度: 3.07 % / Rsym value: 0.29 / % possible all: 99.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 87380 / Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: REFINEMENT WAS CONCLUDED USING CNS. A BULK SOLVENT CORRECTION WAS APPLIED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 -5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs-87380 99.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5326 0 5 0 5331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 38.7 Å2

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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