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- PDB-1ebh: OCTAHEDRAL COORDINATION AT THE HIGH AFFINITY METAL SITE IN ENOLAS... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ebh
タイトルOCTAHEDRAL COORDINATION AT THE HIGH AFFINITY METAL SITE IN ENOLASE; CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS OF THE MG++-ENZYME FROM YEAST AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION
要素ENOLASE
キーワードCARBON-OXYGEN LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding ...Gluconeogenesis / regulation of vacuole fusion, non-autophagic / Glycolysis / melatonin binding / phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / fungal-type vacuole / glycolytic process / magnesium ion binding / mitochondrion / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain ...Enolase / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wedekind, J.E. / Reed, G.H. / Rayment, I.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Octahedral coordination at the high-affinity metal site in enolase: crystallographic analysis of the MgII--enzyme complex from yeast at 1.9 A resolution.
著者: Wedekind, J.E. / Reed, G.H. / Rayment, I.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Chelation of Ser 39 to Mg++ Latches a Gate at the Active Site of Enolase: Structure of the Bis Mg++ Complex of Yeast Enolase and the Intermediate, Phosphonoacetohydroxamate, at 2.1 Angstroms Resolution
著者: Wedekind, J.E. / Reed, G.H. / Rayment, I.
履歴
登録1994年11月1日処理サイト: BNL
改定 1.01995年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *BAA* AND *BAB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. THESE ARE REPRESENTED BY NINE-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENOLASE
B: ENOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5856
ポリマ－93,4662
非ポリマー1204
水9,134507
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.500, 73.200, 89.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.40, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 143 / 2: CIS PROLINE - PRO B 143
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.49366, -1.0E-5, -0.86965), (0.00043, -1, 0.00026), (-0.86965, -0.00051, -0.49366)
ベクター: 25.13222, 0.01812, 43.13784)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN A WHEN APPLIED TO CHAIN B. THIS TRANSFORMATION IS A TWO-FOLD OPERATION AND TRANSLATION THAT DESCRIBE THE APPROXIMATE NON-CRYSTALLOGRAPHIC DYAD. THE CRYSTALLOGRAPHICALLY INDEPENDENT UNIT IS ONE DIMER OF CHEMICALLY IDENTICAL SUBUNITS.

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要素

#1: タンパク質 ENOLASE


分子量: 46732.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P00924, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 507 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS STRUCTURE COMPLEMENTS THE STUDY OF ENOLASE-BIS(MG)II-PHAH AND SERVES AS A CONTROL EXPERIMENT ...THIS STRUCTURE COMPLEMENTS THE STUDY OF ENOLASE-BIS(MG)II-PHAH AND SERVES AS A CONTROL EXPERIMENT IN THE ABSENCE OF INHIBITOR. THE ACTIVE SITE LOOP (APPROXIMATELY RESIDUES 35 - 43) HAS BEEN MODELED IN THE "OPEN" AND "CLOSED" CONFORMATIONS FOR RESIDUES A 34 - N A 38 AND RESIDUES B 35 - N B 38. THE CLOSED CONFORMATION IS DENOTED AS ALTERNATE CONFORMATION C IN THE ATOM RECORDS BELOW AND THE OPEN CONFORMATION IS DENOTED AS A IN THE ATOM RECORDS BELOW. ADDITIONAL ELECTRON DENSITY FOR THE SIDE CHAINS OF THR A 40 AND THR B 40 WAS MODELED AS SOLVENT.
非ポリマーの詳細METALS ARE HEXACOORDINATE WITH OCTAHEDRAL GEOMETRY. A CHLORIDE ION IS BOUND AT THE PHOSPHATE ...METALS ARE HEXACOORDINATE WITH OCTAHEDRAL GEOMETRY. A CHLORIDE ION IS BOUND AT THE PHOSPHATE BINDING SITE OF EACH SUBUNIT AND MAKES SPECIFIC CONTACTS TO THE GUANIDINIUM GROUP OF ARG 374 AND THE AMIDE HYDROGEN OF SER 375. IN MUCH OF THE PREVIOUS LITERATURE ON ENOLASE, THE METAL ION WHICH BINDS TIGHTLY TO ENOLASE IN THE ABSENCE OF SUBSTRATES HAS BEEN CALLED THE "CONFORMATIONAL" METAL. THE SECOND METAL ION WHICH BINDS TO ENOLASE IN THE PRESENCE OF THE SUBSTRATE HAS BEEN CALLED THE "CATALYTIC" METAL ION. THE AUTHORS WILL REFER TO THE TWO DIVALENT CATIONS IN ORDER OF DECREASING BINDING AFFINITY AS METAL I AND METAL II, RESPECTIVELY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化詳細: CRYSTALS WERE GROWN FROM POLYETHYLENE GLYCOL, KCL, AT PH 8.1. CRYSTALLIZED IN THE PRESENCE OF 0.5 MILLIMOLAR MG2+
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116 %(w/w)PEG800011
20.25 M11KCl
30.04 MHEPPS11
40.5 mM11MgCl2

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 100 Å / Num. obs: 53410 / % possible obs: 75 % / Num. measured all: 77897 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2.02 Å / Num. unique obs: 6194 / Num. measured obs: 6392 / Rmerge(I) obs: 0.29

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
CHAIN精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→50 Å / σ(F): 0
詳細: OCCUPANCIES FOR RESIDUES EXHIBITING DUAL CONFORMATIONS HAVE TOTAL OCCUPANCIES OF 1.0 WITH THE FOLLOWING EXCEPTION. ALA A 38 AND ALA B 38 WERE MODELED IN THE OPEN CONFORMATION ONL AFTER ATOM N ...詳細: OCCUPANCIES FOR RESIDUES EXHIBITING DUAL CONFORMATIONS HAVE TOTAL OCCUPANCIES OF 1.0 WITH THE FOLLOWING EXCEPTION. ALA A 38 AND ALA B 38 WERE MODELED IN THE OPEN CONFORMATION ONL AFTER ATOM N ALA 38 IN EACH CHAIN. THE TOTAL OCCUPANCIES FOR ATOMS OF THIS RESIDUE TOTAL 0.7.
Rfactor反射数
obs0.19 53410
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6627 0 4 507 7138
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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