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- PDB-1eao: THE RUNX1 Runt domain at 1.4A resolution: a structural switch and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eao
タイトルTHE RUNX1 Runt domain at 1.4A resolution: a structural switch and specifically bound chloride ions modulate DNA binding
要素RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / ACUTE MYELOID LEUKEMIA / AML / RUNX1 / RUNT DOMAIN / CHLORIDE BINDING / TRANSCRIPTION FACTOR / IG FOLD / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation ...regulation of hair follicle cell proliferation / Organic cation transport / positive regulation of progesterone secretion / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / RUNX1 and FOXP3 control the development of regulatory T lymphocytes (Tregs) / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / positive regulation of granulocyte differentiation / core-binding factor complex / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of cell maturation / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / neuron fate commitment / Estrogen-dependent gene expression / myeloid progenitor cell differentiation / definitive hemopoiesis / regulation of T cell anergy / embryonic hemopoiesis / hair follicle morphogenesis / regulation of cell differentiation / behavioral response to pain / hemopoiesis / basement membrane / regulation of signal transduction / neuron development / chondrocyte differentiation / response to retinoic acid / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of interleukin-2 production / ossification / liver development / skeletal system development / central nervous system development / promoter-specific chromatin binding / neuron differentiation / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of type II interferon production / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Runx, central domain superfamily / Acute myeloid leukemia 1 protein (AML1)/Runt / Runt domain / Runx, C-terminal domain / Runt-related transcription factor RUNX / Runt domain / Runx inhibition domain / Runt domain profile. / Immunoglobulin-like - #720 / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Runt-related transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Backstrom, S. / Wolf-Watz, M. / Grundstrom, C. / Hard, T.H. / Grundstrom, T. / Sauer, U.H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: The Runx1 Runt Domain at 1.25A Resolution: A Structural Switch and Specifically Bound Chloride Ions Modulate DNA Binding
著者: Backstrom, S. / Wolf-Watz, M. / Grundstrom, C. / Hard, T. / Grundstrom, T. / Sauer, U.
履歴
登録2001年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
B: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3676
ポリマ－31,0472
非ポリマー3204
水6,485360
1
A: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6833
ポリマ－15,5241
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6833
ポリマ－15,5241
非ポリマー1602
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.066, 46.173, 62.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.756729, -0.297093, -0.58232), (0.311672, -0.946973, 0.078115), (-0.574649, -0.122381, 0.809198)
ベクター: 55.90745, 43.01644, 14.4855)

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要素

#1: タンパク質 RUNT-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 1 / ACUTE MYELOID LEUKEMIA 1 PROTEIN / ONCOGENE AML-1 / CORE-BINDING FACTOR / ALPHA B SUBUNIT / CBF- ...ACUTE MYELOID LEUKEMIA 1 PROTEIN / ONCOGENE AML-1 / CORE-BINDING FACTOR / ALPHA B SUBUNIT / CBF-ALPHA B / POLYOMAVIRUS ENHANCER BINDING PROTEIN 2 ALPHA B SUBUNIT / PEBP2-ALPHA B / PEA2-ALPHA B / SL3-3 ENHANCER FACTOR 1 ALPHA B SUBUNIT / SL3/AKV CORE-BINDING FACTOR ALPHA B SUBUNIT


分子量: 15523.550 Da / 分子数: 2 / 断片: RUNT DOMAIN RESIDUES 46-185 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED MUTATION CYS 72 SER, CYS 81 SER / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 解説: REFOLDED FROM INCLUSION BODIES / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q03347
#2: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A ENGINEERED MUTATION CYS 72 SER, CYS 81 SER CBF BINDS TO THE CORE SITE, OF A NUMBER OF ...CHAIN A ENGINEERED MUTATION CYS 72 SER, CYS 81 SER CBF BINDS TO THE CORE SITE, OF A NUMBER OF ENHANCERS AND PROMOTERS, INCLUDING MURINE LEUKEMIA VIRUS, POLYOMAVIRUS ENHANCER, T-CELL RECEPTOR ENHANCERS, LCK, IL-3 AND GM-CSF PROMOTERS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 %
結晶化pH: 6.4
詳細: 25 % PEG 3350, 16% GLYCEROL, 130 MM NA CACODYLATE, PH 6.4
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11.6 M1dropNaCl
2100 mM1dropMgSO4
320 mMHEPES1droppH8.0
423 mg/mlprotein1drop
525 %(w/v)PEG33501reservoir
616 %(v/v)glycerol1reservoir
7130 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9195
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月15日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111), SI(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→24 Å / Num. obs: 50436 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.45 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 96.4
反射
*PLUS
最低解像度: 24 Å / Num. measured all: 224261
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.27精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: EBI-8233

解像度: 1.4→24.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 0.698 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 2549 5.1 %RANDOM
Rwork0.141 ---
obs0.143 47744 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→24.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 4 360 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221957
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7121.9432666
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.88334205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3955246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2080.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02392
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2322
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2640.22077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3150.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.198 192
Rwork0.153 3396
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 24 Å / Rfactor Rfree: 0.172 / Rfactor Rwork: 0.147
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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