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万見
- PDB-1ea4: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ea4
タイトルTRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG/22bp dsDNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
  • DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
  • TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
キーワードGENE REGULATION/DNA / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / DNA-BINDING PROTEIN / PLASMID / PROTEIN-DNA COMPLEX / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein CopG
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS AGALACTIAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Gomis-Rueth, F.X. / Costa, M. / Sola, M. / Acebo, P. / Eritja, R. / Espinosa, M. / Solar, G.D. / Coll, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Plasmid Transcriptional Repressor Copg Oligomerises to Render Helical Superstructures Unbound and in Complexes with Oligonucleotides
著者: Costa, M. / Sola, M. / Del, G. / Eritja, R. / Hernaindez-Arriaga, A.M. / Espinosa, M. / Gomis-Rueth, F.X. / Coll, M.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: The Structure of Plasmid-Encoded Transcriptional Repressor Copg Unliganded and Bound to its Operator
著者: Gomis-Rueth, F.X. / Sola, M. / Acebo, P. / Parraga, A. / Guasch, A. / Eritja, R. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / Solar, G.D. / Coll, M.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1998
タイトル: Overexpression, Purification, Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Pmv158-Encoded Plasmid Transcriptional Repressor Protein Copg
著者: Gomis-Rueth, F.X. / Sola, M. / Perez-Luque, R. / Acebo, P. / Alda, M.T. / Gonzalez, A. / Espinosa, M. / Solar, G.D. / Coll, M.
履歴
登録2000年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
D: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
E: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
F: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
G: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
H: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
J: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
K: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
L: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
U: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
V: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
X: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
Y: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
Z: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,74916
ポリマ－91,74916
非ポリマー00
水1,820101
1
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
D: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
E: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
F: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
G: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
H: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
J: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
K: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
L: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
U: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
V: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
X: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
Y: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
Z: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')

A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
D: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
E: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
F: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
G: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
H: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
J: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
K: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
L: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
U: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
V: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
W: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
X: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')
Y: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
Z: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,49832
ポリマ－183,49832
非ポリマー00
水57632
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
2
D: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
E: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
F: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
G: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
W: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
X: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9996
ポリマ－33,9996
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
H: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
J: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
K: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
L: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
U: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
V: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9996
ポリマ－33,9996
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
Y: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
Z: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')

A: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
B: TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG
Y: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')
Z: DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5028
ポリマ－47,5028
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)213.400, 76.040, 50.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細FUNCTIONAL TETRAMERS (EACH ONE CONTACTING A 22BP DSDNA)ARE DEFG, HJKL, AND ABA'B' (A' AND B' ARE SYMMETRYEQUIVALENT MOLECULES).TETRAMER DEFG CONTACTS DSDNA WX, HJKL PAIRS UV, ANDABA'B' INTERACTS WITH YZ(DOUBLE OCCUPANCY DUE TO CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD AXIS)THE BIOMOLECULE 1 IS THE SUPERHELICAL STRUCTURE AND THETETRAMERS CAN BE GENERATED USING THE MATRICES GIVENFOR BIOMOLECULES 2 , 3 AND 4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR COPG / REPA PROTEIN


分子量: 5124.092 Da / 分子数: 10 / 断片: DNA-BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS AGALACTIAE (バクテリア)
細胞内の位置: PLASMID PMV158 / プラスミド: PMV158 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P13920
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*CP*CP*GP*TP*GP *CP*AP*CP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*AP*TP*C)-3')


分子量: 6680.344 Da / 分子数: 3 / 断片: 22BP SSDNA - FIRST STRAND / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA(5'-D(*AP*GP*AP*TP*TP*GP*CP*AP*TP *TP*GP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*CP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量: 6822.412 Da / 分子数: 3 / 断片: 22BP SSDNA - SECOND STRAND / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細REGULATES THE PLASMID COPY NUMBER BY BINDING TO THE REPAB PROMOTER THUS CONTROLING THE SYNTHESIS OF ...REGULATES THE PLASMID COPY NUMBER BY BINDING TO THE REPAB PROMOTER THUS CONTROLING THE SYNTHESIS OF THE PLASMID REPLICATION INITIATOR PROTEIN REPB AND ITS OWN ONE.

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
解説: ONE COPG DIMER/ 9BP DSDNA MODEL WAS USED AS SEARCHING MODEL.
結晶化pH: 4.6 / 詳細: MPD, NACL, NAACO, pH 4.60
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
230 %(w/v)MPD1reservoir
30.2 M1reservoirNaCl
40.1 Msodium acetate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.0527
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0527 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.92→43.85 Å / Num. obs: 17592 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 80.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 5.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 103432
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.92 Å / 最低解像度: 3.07 Å / % possible obs: 58.6 % / Rmerge(I) obs: 0.471

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B01

1b01


解像度: 2.95→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: NOE RESTRAINTS FOR WATSON & CRICK BASE PAIRING. THE COMPLEX SET UP FOR CRYSTALLIZATION WAS MADE UP BY A COPG DIMER-OF-HOMODIMERS AND A 22-BP DSDNA. THERE ARE 2,5 OF THOSE COMPLEXES IN THE ...詳細: NOE RESTRAINTS FOR WATSON & CRICK BASE PAIRING. THE COMPLEX SET UP FOR CRYSTALLIZATION WAS MADE UP BY A COPG DIMER-OF-HOMODIMERS AND A 22-BP DSDNA. THERE ARE 2,5 OF THOSE COMPLEXES IN THE ASYMMETRIC UNIT, DEFG+WX (PROTEIN + DNA), HJKL+UV, AND ABA'B'+YZ. THE LATTER REPRESENTS THE "HALF" COMPLEX. THE OTHER HALF IS CREATED BY A CRYSTALLOGRAPHIC TWOFOLD (RENDERING A' AND B'). THE DNA PART HAS BEEN MODELLED WITH THE TWO OBSERVED ORIENTATIONS, EACH WITH OCCUPANCY 0.5. THERE ARE NCS RESTRAINTS, BUT SO MANY THAT THE MATRICES AND TRANSLATIONS HAVE NOT BEEN INCLUDED IN THIS ENTRY. ESSENTIALLY, ALL PROTEIN CHAINS AND ALL DNA STRANDS HAVE BEEN SUBJECTED TO RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 -7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 17507 96.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 66.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3377 2535 0 101 6013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.34
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9/1.0 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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