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万見
- PDB-1ea0: Alpha subunit of A. brasilense glutamate synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ea0
タイトルAlpha subunit of A. brasilense glutamate synthase
要素GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN
キーワードOXIDOREDUCTASE / IRON SULPHUR FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate synthase (NADPH) / glutamate synthase (NADPH) activity / L-glutamate biosynthetic process / ammonia assimilation cycle / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain / : / Glutamate synthase domain / Glutamate synthase, central-N / Glutamine amidotransferases class-II / Conserved region in glutamate synthase / Glutamate synthase central domain / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal / GXGXG motif / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily ...Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain / : / Glutamate synthase domain / Glutamate synthase, central-N / Glutamine amidotransferases class-II / Conserved region in glutamate synthase / Glutamate synthase central domain / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal / GXGXG motif / Glutamate synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / Glutamine amidotransferase type 2 domain profile. / Glutamine amidotransferase type 2 domain / Pectate Lyase C-like / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / 3 Solenoid / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / FE3-S4 CLUSTER / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / S-DIOXYMETHIONINE / Glutamate synthase [NADPH] large chain
類似検索 - 構成要素
生物種AZOSPIRILLUM BRASILENSE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Binda, C. / Bossi, R.T. / Vanoni, M.A. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: Cross-Talk and Ammonia Channeling between Active Centers in the Unexpected Domain Arrangement of Glutamate Synthase
著者: Binda, C. / Bossi, R.T. / Wakatsuki, S. / Arzt, S. / Coda, A. / Curti, B. / Vanoni, M.A. / Mattevi, A.
履歴
登録2000年11月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AK" IN CHAIN A AND "BH" IN CHAIN B SHEET ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AK" IN CHAIN A AND "BH" IN CHAIN B SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN
B: GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,78610
ポリマ－324,6272
非ポリマー2,1598
水00
1
A: GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3935
ポリマ－162,3141
非ポリマー1,0794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)163,3935
ポリマ－162,3141
非ポリマー1,0794
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.612, 233.612, 305.089
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.903004, 0.248079, 0.35077), (0.244558, -0.374459, 0.894411), (0.353234, 0.893441, 0.277468)
ベクター: 69.996, 44.252, -50.282)
詳細GLUTAMATE SYNTHASE IS FUNCTIONAL AS A HETERODIMER MADE UPOF ONE ALPHA AND ONE BETA SUBUNIT. THE STRUCTURE PRESENTEDHERE, OF THE ALPHA SUBUNIT ON ITS OWN, IS MONOMERIC.

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE SYNTHASE [NADPH] LARGE CHAIN / GLUTAMATE SYNTHASE ALPHA SUBUNIT / NADPH-GOGAT / GLTS ALPHA CHAIN


分子量: 162313.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) AZOSPIRILLUM BRASILENSE (バクテリア)
プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05755, glutamate synthase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-OMT / S-DIOXYMETHIONINE / L-メチオニンスルホン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO4S
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5
#5: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
構成要素の詳細2 L-GLUTAMATE + NADP(+) = L-GLUTAMINE + 2-OXOGLUTARATE + NADPH. BINDS A 3FE-4S CLUSTER, FAD AND FMN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶溶媒含有率: 83 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.60
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
117 mg/mlprotein1drop
21 mMEDTA1drop
310 %(v/v)glycerol1drop
42 mMMetS1drop
52 mM2-oxoglutarate1drop
62 mMAADP1drop
75 mMdithiothreitol1drop
825 mMHEPES1drop
920 %(v/v)tert-butanol1reservoir
1015 %(w/v)PEG33501reservoir
11100 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.993
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年11月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 184182 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.456 / % possible all: 94.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 758585
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / SU B: 11.366 / SU ML: 0.2091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38594 / ESU R Free: 0.3079
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28712 1847 1 %RANDOM
Rwork0.25587 ---
obs0.25618 181808 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.963 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å2-0.92 Å20 Å2
2---1.84 Å20 Å2
3---2.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22360 0 118 0 22478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.027
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.8151.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it4.8882
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it8.4093
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it13.4494.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2240.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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