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万見
- PDB-1e9g: STRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e9g
タイトルSTRUCTURE OF INORGANIC PYROPHOSPHATASE
要素INORGANIC PYROPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PYROPHOSPHATE PHOSPHOHYDROLASE / MANGANESE
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytosolic tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Pyrophosphate hydrolysis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Heikinheimo, P. / Tuominen, V. / Ahonen, A.-K. / Teplyakov, A. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Toward a Quantum-Mechanical Description of Metal-Assisted Phosphoryl Transfer in Pyrophosphatase
著者: Heikinheimo, P. / Tuominen, V. / Ahonen, A.-K. / Teplyakov, A. / Cooperman, B.S. / Baykov, A.A. / Lahti, R. / Goldman, A.
履歴
登録2000年10月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年3月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: pdbx_database_proc / pdbx_database_status / refine
Item: _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
B: INORGANIC PYROPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,27014
ポリマ－64,4512
非ポリマー81912
水18,4291023
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-96.37 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.318, 103.087, 116.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.7976, 0.6031, 0.015), (0.6031, -0.7977, 0.0045), (0.0147, 0.0055, -0.9999)
ベクター: 35.2522, -102.9809, -90.559)

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要素

#1: タンパク質 INORGANIC PYROPHOSPHATASE / PPASE


分子量: 32225.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PRODUCT COMPLEX
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: PPA1 / プラスミド: PKW9 / 遺伝子 (発現宿主): PPA1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: P00817, inorganic diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1023 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細IN PRESENCE OF DIVALENT METAL CATION CATALYSES THE REACTION: PYROPHOSPHATE + H(2)O = 2 ...IN PRESENCE OF DIVALENT METAL CATION CATALYSES THE REACTION: PYROPHOSPHATE + H(2)O = 2 ORTHOPHOSPHATE. MAGNESIUM CONFERS THE HIGHEST ACTIVITY. THREE OF THE 4 DIVALENT CATIONS BOUND PER SUBUNIT ARE REQUIRED FOR ACTIVITY.
配列の詳細1WGJ A SWS P00817 283 - 286 NOT IN ATOMS LIST 1WGJ B SWS P00817 283 - 286 NOT IN ATOMS LIST

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
解説: TWO MERGED DATA SETS: THE FIRST COLLECTED SEP-1996, WAVLENGTH 0.891 A, RESOLUTION RANGE 8-1.5 A AND THE SECOND COLLECTED 1997, WAVELENGTH 0.901 A, RESOLUTION RANGE 2.5-1.15 A
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Heikinheimo, P., (1996) Structure, 4, 1491.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
117 %MPD1drop
230 mMMES1reservoir
31 mM1reservoirMnCl2
41 mMsodium hydrogen phosphate1reservoir
519 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.891
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.891 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→8 Å / Num. obs: 212495 / % possible obs: 85.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.95
反射 シェル解像度: 1.15→1.17 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 75.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
SHELXL位相決定
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WGJ

1wgj


解像度: 1.15→8 Å / Num. parameters: 51975 / Num. restraintsaints: 60843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 4.7% THE C-TERMINAL RESIDUE WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
all0.1361 211693 --
obs--85.5 %-
Rfree---RANDOM
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 42 / Occupancy sum hydrogen: 4448 / Occupancy sum non hydrogen: 5562.12
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4510 0 28 1023 5561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.029
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0304
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.093
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.09
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.049
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.108
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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