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万見
- PDB-1e8e: Solution Structure of Methylophilus methylotrophus Cytochrome c''... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e8e
タイトルSolution Structure of Methylophilus methylotrophus Cytochrome c''. Insights into the Structural Basis of Haem-Ligand Detachment
要素CYTOCHROME C''
キーワードOXIDOREDUCTASE(CYTOCHROME) / CYTOCHROME C'' / LIGAND DETACHMENT / REDOX-BOHR EFFECT / PARAMAGNETIC
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1924, Cytochrome c-type protein SHP-like / Domain of unknown function (DUF1924) / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c''
類似検索 - 構成要素
生物種METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING
データ登録者Brennan, L. / Turner, D.L. / Fareleira, P. / Santos, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Solution Structure of Methylophilus Methylotrophus Cytochrome C": Insights Into the Structural Basis of Haem-Ligand Detachment
著者: Brennan, L. / Turner, D.L. / Fareleira, P. / Santos, H.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1993
タイトル: Characterization of the Haem Environment in Methylophilus Methylotrophus Ferricytochrome C'' by 1H-NMR
著者: Costa, H.S. / Santos, H. / Turner, D.L.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1992
タイトル: Involvement of a Labile Axial Histidine in Coupling Electron and Proton Transfer in Methylophilus Methylotrophus Cytochrome C''
著者: Costa, H.S. / Santos, H. / Turner, D.L. / Xavier, A.V.
#3: ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1988
タイトル: Characterization and NMR Studies of a Novel Cytochrome C Isolated from Methylophilus Methylotrophus which Shows a Redox-Linked Change Os Spin-State
著者: Santos, H. / Turner, D.L.
履歴
登録2000年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Derived calculations / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C''
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3182
ポリマ－13,6991
非ポリマー6191
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C''


分子量: 13699.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: C-TYPE CYTOCHROME, FULLY OXIDISED FORM
由来: (天然) METHYLOPHILUS METHYLOTROPHUS (バクテリア)
参照: UniProt: Q9RQB9
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D-1H-NOESY
1212D-1H-TOCSY
1312D-1H-COSY
1413D(15N
1511H)-TOCSY-HSQC
1613D(15N
1711H)-NOESY-HSQC

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試料調製

詳細内容: 10 MM PHOSPATE BUFFER
試料状態pH: 5.6 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
PARADYANAD.L.TURNER,L.BRENNAN,S.G.CHAMBERLIN, R.O.LOURO, A.V.XAVIER精密化
PARADYANA構造決定
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: DIPOLAR SHIFTS WERE USED AS RESTRAINTS IN AN EXTENDED VERSION OF DYANA CALLED PARADYANA. D.L.TURNER,L,BRENNAN,S.G.CHAMBERLIN, R.O.LOURO,A.V.XAVIER (1998)DETERMINATION OF SOLUTION STRUCTURES ...詳細: DIPOLAR SHIFTS WERE USED AS RESTRAINTS IN AN EXTENDED VERSION OF DYANA CALLED PARADYANA. D.L.TURNER,L,BRENNAN,S.G.CHAMBERLIN, R.O.LOURO,A.V.XAVIER (1998)DETERMINATION OF SOLUTION STRUCTURES OF PARAMAGNETIC PROTEINS BY NMR.EUR.BIOPHYS.J.27,367-375.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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