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万見
- PDB-1e88: Solution structure of 6F11F22F2, a compact three-module fragment ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+88
タイトルSolution structure of 6F11F22F2, a compact three-module fragment of the gelatin-binding domain of human fibronectin
要素FIBRONECTIN
キーワードCELL ADHESION / EXTRACELLULAR MATRIX GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / Fibronectin matrix formation / Attachment of bacteria to epithelial cells / enteric nervous system development / integrin activation ...negative regulation of monocyte activation / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of substrate-dependent cell migration, cell attachment to substrate / calcium-independent cell-matrix adhesion / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / fibrinogen complex / Fibronectin matrix formation / Attachment of bacteria to epithelial cells / enteric nervous system development / integrin activation / ALK mutants bind TKIs / cell-substrate junction assembly / proteoglycan binding / MET activates PTK2 signaling / Molecules associated with elastic fibres / peptidase activator activity / neural crest cell migration / Syndecan interactions / extracellular matrix structural constituent / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / biological process involved in interaction with symbiont / response to muscle activity / regulation of protein phosphorylation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endodermal cell differentiation / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / blood coagulation, fibrin clot formation / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / endothelial cell migration / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of axon extension / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / Integrin signaling / substrate adhesion-dependent cell spreading / platelet alpha granule lumen / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / acute-phase response / cell-matrix adhesion / Cell surface interactions at the vascular wall / Developmental Lineage of Pancreatic Ductal Cells / negative regulation of autophagy / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / response to wounding / integrin binding / autophagy / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / nervous system development / regulation of cell shape / heparin binding / GPER1 signaling / heart development / extracellular matrix / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell adhesion / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / receptor ligand activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / : / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin, type II, collagen-binding / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 ...Fibronectin, type II, collagen-binding / Fibronectin type I domain / Fibronectin, type I / Fibronectin type-I domain signature. / Fibronectin type-I domain profile. / Fibronectin type 1 domain / : / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / AB INITIO SIMULATED ANNEALING
データ登録者Pickford, A.R. / Smith, S.P. / Staunton, D. / Boyd, J. / Campbell, I.D.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: The Hairpin Structure of the (6)F1(1)F2(2)F2 Fragment from Human Fibronectin Enhances Gelatin Binding
著者: Pickford, A.R. / Smith, S.P. / Staunton, D. / Boyd, J. / Campbell, I.D.
履歴
登録2000年9月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月19日Group: Non-polymer description / Other ...Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22012年11月28日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.32018年2月14日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._citation.page_last / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.type
改定 1.42020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FIBRONECTIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0932
ポリマ－17,8721
非ポリマー2211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデルモデル #10

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要素

#1: タンパク質 FIBRONECTIN


分子量: 17871.625 Da / 分子数: 1 / 断片: 6F11F22F2, RESIDUES 305-464 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞内の位置: EXTRACELLULAR / プラスミド: PPIC9K / 細胞内の位置 (発現宿主): SECRETED / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: P02751
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D [1H-1H] NOESY (60MS MIXIMG TIME)
1213D [1H-15N] NOESY (60MS MIXING TIME)
131HMQC-J.
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED BY HETERONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY ON UNIFORMLY 15N-LABELED 6F11F22F2.

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試料調製

詳細内容: 2MM 6F11F22F2, 20MM PHOSPHATE BUFFER
試料状態pH: 4.5 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Home built using Oxford Instruments magnet / 製造業者: Home-built / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS0.9BRUNGER ET AL.精密化
Felix2.3構造決定
NMRView構造決定
CNS構造決定
精密化手法: AB INITIO SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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