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- PDB-1e7d: Endonuclease VII (ENDOVII) Ffrom Phage T4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e7d
タイトルEndonuclease VII (ENDOVII) Ffrom Phage T4
要素RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII
キーワードHYDROLASE / ENDONUCLEASE / RESOLVASE / HOLLIDAY JUNCTION / DNASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation domain superfamily / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / His-Me finger endonuclease fold / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 ...T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation domain superfamily / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / His-Me finger endonuclease fold / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / His-Me finger superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Recombination endonuclease VII
類似検索 - 構成要素
生物種BACTERIOPHAGE T4 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Raaijmakers, H.C.A. / Vix, O. / Toro, I. / Suck, D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Conformational Flexibility in T4 Endonuclease Vii Revealed by Crystallography: Implications for Substrate Binding and Cleavage
著者: Raaijmakers, H.C.A. / Toro, I. / Birkenbihl, R. / Kemper, B. / Suck, D.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: X-Ray Structure of T4 Endonuclease Vii: A DNA Junction Resolvase with a Novel Fold and Unusual Domain Swapped Dimer Architecture
著者: Raaijmakers, H. / Vix, O. / Toro, I. / Golz, S. / Kemper, B. / Suck, D.
履歴
登録2000年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年5月30日Group: Advisory / Data collection / Structure summary / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct / Item: _struct.title
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.52023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII
B: RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6659
ポリマ－36,3482
非ポリマー3177
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8010 Å2
ΔGint-67.8 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.900, 37.400, 74.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.4964, 0.8391, -0.2226), (0.8464, 0.4109, -0.3388), (-0.1928, -0.3566, -0.9142)
ベクター: 35.1893, -14.9125, 42.758)
詳細BIOLOGICAL_UNIT: DIMERIC

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要素

#1: タンパク質 RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII / PROTEIN GP49


分子量: 18173.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONE ZN BOUND TO CYS 23,26,58,61 OF EACH CHAIN CA LIGANDED TO ASP40 AND ASN 62
由来: (組換発現) BACTERIOPHAGE T4 (ファージ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: GP49 / プラスミド: PET11A / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P13340, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.16 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION DROP SIZE: 1 + 1 UL PROTEIN SOLUTION: 16 MG/ML ENDOVII, 175 MM NACL, 20 MM MGCL2, 2 MM ZNCL2, 10 MM 2-MERCAPTO-ETHANOL, 10 % GLYCEROL, 10 MM MOPS PH6.5. WELL: 16- ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION DROP SIZE: 1 + 1 UL PROTEIN SOLUTION: 16 MG/ML ENDOVII, 175 MM NACL, 20 MM MGCL2, 2 MM ZNCL2, 10 MM 2-MERCAPTO-ETHANOL, 10 % GLYCEROL, 10 MM MOPS PH6.5. WELL: 16-18% PEG 5000 MME, 200 MM CACL2, 20 MM AMMONIUM SULPHATE, 10 MM 2-MERCAPTO-ETHANOL, 100 MM TRIS PH 8.2, C.A. 1 MM SODIUM AZIDE
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 8.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116 mg/mlprotein1drop
218 %(w/v)PEG2000 MME1reservoir
3100 mMTris1reservoir
4200 mM1reservoirCaCl2
55 mMammonium sulfate1reservoir
65 mM1reservoirZnCl2
710 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月15日 / 詳細: NI COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: NI COATED MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.281 Å / Num. obs: 8966 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.096 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.283 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 28458 / Rmerge(I) obs: 0.096
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.283

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E7L

1e7l


解像度: 2.8→10 Å / SU B: 7.34 / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.52
詳細: TIGHT NCS RESTRAINTS SIMILAR TO ENTRY 1EN7, BUT IN A DIFFERENT SPACE GROUP THE ATOMS WITH ZERO OCCUPANCY ARE DISORDERED, AND THOSE WITH HALF OCCUPANCY ARE PARTLY DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 413 5 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs-8966 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 7 30 2581
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0220.028
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0310.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.33
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.63
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.009
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1850.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2630.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.915
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.210
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor30.420
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 27 Å / Num. reflection obs: 12364 / Rfactor obs: 0.245
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.30.028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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