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万見
- PDB-1e5x: Structure of threonine synthase from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e5x
タイトルStructure of threonine synthase from Arabidopsis thaliana
要素THREONINE SYNTHASE
キーワードTHREONINE BIOSYNTHESIS / PLP ENZYME / S-ADENOSYL-METHIONINE / ALLOSTERY
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine synthase / threonine synthase activity / threonine biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / chloroplast stroma / chloroplast / pyridoxal phosphate binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Threonine synthase-like / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Threonine synthase 1, chloroplastic / Threonine synthase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Thomazeau, K. / Curien, G. / Dumas, R. / Biou, V.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structure of Threonine Synthase from Arabidopsis Thaliana
著者: Thomazeau, K. / Curien, G. / Dumas, R. / Biou, V.
履歴
登録2000年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THREONINE SYNTHASE
B: THREONINE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,1162
ポリマ－108,1162
非ポリマー00
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.760, 62.140, 76.590
Angle α, β, γ (deg.)109.48, 97.61, 112.74
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.94315, -0.12962, 0.30604), (-0.12904, -0.99139, -0.02223), (0.30628, -0.01853, -0.95176)
ベクター: -6.20155, 2.77128, 40.84748)

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要素

#1: タンパク質 THREONINE SYNTHASE


分子量: 54058.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ARABIDOPSIS THALIANA (シロイヌナズナ)
解説: MATURE ENZYME IS WITHOUT TRANSIT PEPTIDE / 細胞内の位置: CHLOROPLAST / 遺伝子: NUCLEAR / Organelle: CHLOROPLAST / プラスミド: PET23 THRC_ARATH / 遺伝子 (発現宿主): THRC_ARATH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q39144, UniProt: Q9S7B5*PLUS, EC: 4.2.99.2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING IN THE PDB FILE CORRESPONDS TO THE MATURE PROTEIN, THEREFORE THERE IS A 40 ...THE RESIDUE NUMBERING IN THE PDB FILE CORRESPONDS TO THE MATURE PROTEIN, THEREFORE THERE IS A 40 AMINOACID DIFFERENCE WITH RESPECT TO THE DATA BASE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 13 % PEG 6000, 1M LICL, MES PH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 M1reservoirLiCl
213 %PEG60001reservoir
35 mMdithiothreitol1reservoir
55 mg/mlprotein1drop
4MES-KOH1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978873
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 124846 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 41.5 Å2 / Rsym value: 0.033 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.183 / % possible all: 95.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / Num. obs: 43719 / 冗長度: 2.9 % / Num. measured all: 124846 / Rmerge(I) obs: 0.033
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 6265 / Num. measured obs: 17896 / Rmerge(I) obs: 0.183

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.25→29.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1255563.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE C-TERMINAL RESIDUE OF MONOMER B WAS NOT SEEN IN THE DENSITY MAPS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 2036 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.222 41066 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43 Å2 / ksol: 0.334225 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.13 Å215.46 Å21.26 Å2
2--6.85 Å2-0.94 Å2
3----12.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6861 0 0 388 7249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.672.5
Refine LS restraints NCSRms dev Biso : 46 Å2 / Rms dev position: 0.204 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 50
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 326 4.8 %
Rwork0.318 6521 -
obs--97.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SME.PARSME.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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